1885年,美南长老会向日本高知县派出了2名传教士。1888年,美南长老会在名古屋设立了金城女学校。
1901年,植村正久在美北长老会的明治学院讲授自由主義神学、进化论。1907年,神戸神学院成立。校長塞缪尔·富尔顿。教师多为普林斯顿神学院毕业的美南长老会传教士。
1927年,神戸神学院与大阪神学院合併成立中央神学院,校長塞缪尔·富尔顿。中央神学院明确主张圣经无谬误。中央神学院一直拒绝进行宫城遥拜、参拜神社这样的偶像崇拜活动,因此在1942年3月被关闭。
中央神学院的毕业生冈田稔、战后的日本基督教改革派教会参与了神户改革宗神学院的建立。