1961年3月4日，三元里平英团遗址被中华人民共和国国务院公布为第一批全国重点文物保护单位 <ref>[http://blog.sina.com.cn/s/blog_53928e100100xsd7.html 广州三元里平英团旧址,国保一号]，新浪博客，2012-2-14</ref> 。

三元里平英团遗址的三元古庙建筑，为二进四合院布局，建筑为砖木结构建筑，建筑面积237平方米，面宽11.38米，进深20.88米 [7] ，山门为硬山顶、面阔三间，条石铺地，墙下部砌石，上筑青砖；前檐方石柱与山墙都连以弯石坊，硬山顶的屋脊饰以琉璃鳌鱼宝珠，并有云纹脊饰；前廊及庙内四壁都绘有“伏生传经”等壁画及图案花纹，建筑装饰华丽铺张，具有浓厚的广州清代祠庙建筑特色。  

乾隆五十年（1785年），重修三元古庙 [6] 。

清道光二十年（1840年），第一次鸦片战争爆发，英国侵略者用鸦片和火炮敲开了中国的南大门 [1] 。

道光二十一年（1841年）5月25日，英国侵略者攻陷广州城北诸炮台 [5] ；同年5月29日，英国侵略者的战火蔓延到三元里、西村、萧岗等村庄 [5] ；5月30日清晨，三元里村民在村北的三元古庙前集会誓师抗英，并取出庙里的三星旗作指挥令旗；5月31日，南海﹑番禺103乡村民自动组织起来，手持戈矛犁锄群起围往永康台，并取得牛栏岗之战大捷 [2] 。

1949年10月解放广州时期，中国人民解放军的先头部队经三元里平英团遗址进入广州 [5] 。

2010年，广州市文广新局在三元古庙（三元里平英团遗址）发现清乾隆五十年（1785年）“重修三元古庙碑志”一块 [6] 。

三元里人民的抗英斗争，是近代中国人民反侵略运动的重要组成部分，有着重要的纪念和教育意义 [8] 。三元里平英团遗址承载着中国人民的革命斗争史，体现着中国人民反侵略斗争的革命精神，对促进爱国主义教育具有重要的革命文物价值 [3] 。

1994年3月，广东省文化厅、文物管理委员会办公室制定了《广东省国家级、省级文物保护单位保护范围和建设控制地带》（粤府〔1994〕42号），并正式对外公布，文中明确三元里平英团遗址为国家级文物保护单位，保护范围和建设控制地带为：正南面从三元古庙外围墙起向外延伸60米（包括南约牌楼），其余以外围墙向外延伸9米；从保护范围外缘起向外延伸50米，为二级控制 [2] 。2008年，广东省文化厅的《关于三元里平英团旧址防护加固方案的请示》（粤文请〔2008〕89号）获得国家文物局批复同意，要求进一步勘查地基基础，确定正殿、偏厅墙体裂缝产生的原因；明确维修加固工程的工程范围和工程量；进一步细化墙体裂缝修补、灌浆处理、屋面揭瓦、木材防虫防腐、排水系统及油漆等技术措施的相关设计，并明确使用材料和做法 [9] 。

2010年，广州市文广新局对三元里平英团旧址进行了修缮 [2] ，专家依“修旧如旧”原则进行抢救性加固 [6] 。

2012年5月，国家文物局审批通过了广东省文化厅《关于三元里平英团旧址保护规划编制项目立项的请示》（粤文请〔2012〕42号），同意编制项目立项，项目名称为《全国重点文物保护单位——三元里平英团遗址文物保护规划 [2] 。

1949年新中国成立后，为纪念三元里抗英烈士，广州市人民政府把三元里村西门楼7920平方米的坡地改造成三元里抗英纪念公园 [5] 。1950年10月，在三元里平英团遗址山岗上筑起10米高的三元里抗英烈士纪念碑 [5] 。

1958年11月，广州市人民政府在三元里平英团遗址设立三元里人民抗英斗争纪念馆，隶属于广州博物馆管理，馆内设有“三元里人民抗英斗争历史”陈列 [2] ，郭沫若为该馆题名 [6] 。

2002年，广州市人民政府已出台《三元里抗英纪念馆周边地区控制性详细规划》 [10] 。

2008年3月，三元里人民抗英斗争纪念馆被文化部、财政部、国家文物局指定为全国首批对外免费开放的纪念馆 [5] 。