1971年以前，博斯腾湖鱼类组成比较简单，只有几种鱼类，其中以[[扁吻鱼]]（[[大头鱼]]）和[[塔里木裂腹鱼]]（[[尖嘴鱼]]）为主。从20世纪60年代末至70年代初，先后进行多次引种，把长江流域和北疆额尔齐斯河的许多经济鱼类引进博斯腾湖；1992年，全湖已有24种鱼类，经济鱼类有[[草鱼]]、[[青鱼]]、[[鳞鱼]]、[[缩]]、[[团头舫]]、[[三鱼舫]]、[[黄尾密鲴]]、[[细鳞斜颌鲴]]、[[鳜鱼]]、[[鲤]]、[[鲫]]、[[赤鲈]]、[[塔里木裂腹鱼]]、[[西伯利亚斜齿鳊]]、[[东方真鳊]]、[[贝加尔雅罗鱼]]、[[日本河内娜]]共18种。随着鱼类引种工作的发展，渔获物的组成和鱼产量也发生了很大变化。鱼年产量从20世纪60-70年代的1000吨上升到1992年的2000吨左右，渔获物的组成从以尖嘴鱼为主变化到以鲫、赤鲈、贝加尔雅罗鱼为主。至2015年，博斯腾湖共有鱼类30余种，主要有草鱼、鲤鱼、鲢鱼等，较出名的为赤鲈<ref>[https://www.itsfun.com.tw/%E8%B5%A4%E9%B1%B8/wiki-3655187-0741457 赤鱸又名河鱸，俗稱五道黑], 華人百科, </ref>，也就是俗称的[[五道黑]]。