现在共有13架伊尔-96-300投入运营，其中6架属于俄罗斯航空（Aeroflot），其他7架分别由阿特兰索尤兹[[航空公司]]（Atlant-Soyuz Airlines）、多莫杰多沃航空公司（Domodedovo Airlines）、克拉斯航空（KrasAir）和[[古巴航空公司]]（Cubana de Aviación）拥有。由于其一系列的故障，特别是原[[普京]][[总统]]的座机也在[[芬兰]]图尔库令人尴尬地发生同样的故障，俄罗斯的民航管理部门决定所有伊尔-96-300在2005年8月22日之后暂时停飞，接受制动闸装置检查。