筹办历时一年的京九直通车及沪九直通车由1997年5月19日起投入服务。当日上午，铁道部党组副书记、副部长孙永福，上海市副市长夏克强和香港九广铁路公司代表及社会各界代表400余人参加了在上海站举行的开行庆典仪式。时任铁道部副部长孙永福和上海市副市长夏克强将列车牌授给列车长，并为沪九直通车首发剪彩。上午8时04分，首班沪九直通车由上海火车站发车。沪九直通车由上海铁路局上海列车段（今上海客运段）担当，车次为99／100次，采用当时最新型的高质量25K型客车，列车编组16节（其中3节至广州东站回转），载客448人。当时列车会停靠东莞站（现常平站）约一个小时，乘客须携带所有行李，在该站办理内地出入境手续。除了常平站，当时列车还停靠广州东、广州、韶关、郴州、衡阳、株洲、向塘、鹰潭、金华西、杭州东等12个车站。运行时间上行为28.42小时（15:00至翌日20:18），下行为29.06小时（08:04至翌日13:10）。沪九直通车目标客源是有空闲时间并有兴趣沿途旅游人士，当时全程硬卧、软卧及高包的正价票价分别为港币627、825及1039元，收益按比例分账，列车只需百分之六十的上座率九广铁路公司就可达到收支平衡。值得一提的是，尽管京九直通车由原47/48次列车演变而来，但沪九直通车完全是当时新增的列车，与传统意义上的沪广特快49/50次列车并无关系。