与很多港铁站不同，月台与大堂位处同一层。宝琳站只有一个侧式月台，并设有月台幕门。列车只能在同一个方向到达和离开，因此列车只会停留一段短[[时间]]，以免妨碍下班[[列车]]进站；正因如此设计，列车不时会为了保持[[安全]]距离而在未到站时减速，甚至停下，直至前方列车离开。另外，在车站1号月台后方，设有一条不对外开放的[[路轨]]供列车停泊，但列车不能从该路轨驶进1号月台上客；而列车进入1号月台后，将无法驶进该段路轨，可见形同虚设。 这也导致将军澳线班次频率低下，班次难以加密，使繁忙时段乘客难以上车；另外信号等机件维修成本也上涨，自然转嫁到乘客身上。同时将军澳线取代[[观塘线]]作为过海到港岛东的主要线路，有机会为从观塘线到港岛东的乘客带来不便利要素。若出现坏车或讯号故障，追撞事故出现率也比其他线路更容易，处理事故要比其他[[地铁]]线路更长时间。