由于爱知东部丘陵线采用的常温超导磁悬浮系统与JR、名古屋地铁的钢轮钢轨系统完全不兼容，无法实现[[列车]]直通运营。又因东部丘陵线和[[东山线]]在藤丘车站的换乘较为繁琐不便，导致系统与其他[[轨道交通]]系统联系不足。