1640年代以后，台湾南部沿海殖民地的行政支出不断地暴涨，收入也逐渐从转口贸易转移到本地税收。为此，荷兰人开始新增各种税收，加上1650年后许多农民赖以维生的甘蔗业开始衰退，汉人对于荷兰人的统治越来越不满，引爆了郭怀一事件。事件平息之后，荷兰人并没有更改整个殖民地的结构，依然以剥削汉人劳力为经济发展基础。之后郑成功崛起于福建沿海，为荷兰人创建的荷汉殖民地带来新的变数，郑成功于1661年进攻台湾，翌年荷兰人为其所击败，退出台湾南部沿海占据地。