宋嘉佑八年更名为北山寺，相传曾有百尺高塔和百井。

钱履吉的《泰州重修北山开化禅寺碑记》开头是这么说的:"去海陵州治北二里，穹然而高者，曰北山寺。寺一名开化院，一名独佛寺，宋嘉佑八年始更今名，曰北山寺云。海陵玄武卑，故以此作镇焉。所以阜地气，壮郡形也。"

"王屋谢世，嗣有子廉者，宋淳熙间人也，挂锡此寺，寺复振兴踪迹，亦与王屋同。于是都人士无不合掌赞叹，谓王屋复见，过其地者群瞻礼不衰。未几，子廉没，嗣又无闻焉。越数百年而后以迄于今，亦竟无闻焉，于是海陵几不知有所谓北山者。"

钱履吉是清朝顺治八年的泰州知州，他写的《泰州重修北山开化禅寺碑记》，主要就是这一阶段的北山寺重修:"顺治五年，岁在戊子，元旦，忽殿中火光四射，皆以为因缘将至。而忽有冰怀禅师者，遂飞锡焉，或曰是王屋之现身也……"

绍兴人冰怀禅师于清朝顺治五年(1648)任北山寺住持，其后几年间他全身心修寺建殿、筑屋造像，事无巨细皆次第完成。钱履吉在这段笔记实录之后感慨到:"是山之形胜，广狭以至诸景，如孤塔之凌云而起也，千帆之乘风而渡也，绿柳之迎春而笑也，渔歌之向夕而闻也，皆详见寺志，兹不多及。但为记其终始兴废如此，以示后之过是山者，知有冰怀禅师之不可泯，佛菩萨灵感之力不可没……"

康熙初年建起楠木大悲楼，民国中期寺内建筑仍都在。

钱履吉的"碑记"结束后，有关北山寺的记载归结于李昌龄:

到了清朝道光年间(1821-1850)，北山寺复又衰落。清朝咸丰元年(1851)，德山禅师朝山途中路过泰州，见此寺荒芜，便募款修旧兴废，并请书法篆刻大家吴熙载篆书"北山开化禅寺"门额，以后的北山寺僧皆尊德山禅师为中兴祖师。

民国二十四年(1935)，住持肇源增建寮屋数间。民国二十九年(1940)，二殿及一尊高5丈、宽3丈的镀金弥勒佛像被日本飞机炸毁。民国三十一年(1942)，住持云开维修大雄宝殿，随后又持续被军队占住，屡遭破坏。

2002年，北山寺与卓锡泉合并公布为"江苏省第五批文物保护单位"。

两年后大雄宝殿重现芳华

有专家介绍说，在具体施工中采用的是揭顶大修、局部落架等修缮方式，以保持房屋的主体构造。例如:柱梁等不变，腐朽的用杉木照原样修补，外墙砖照原样仿制;原有建筑上的花砖、筒瓦照原样布置;屋脊上的垂兽、望兽、套兽等，尽量原样照用，短缺的则按原有风格加工烧制。