1940年，《宗教團體法》實行，各宗教團體被要求整合並向[[國家主義]]傾斜，聖安得烈教会更名為「芝聖公教会」<ref>{{cite web|script-title=ja:「教会合同」および「復帰」の問題の考察（２）：八代主教の資料を中心 として|url=https://ci.nii.ac.jp/els/contentscinii_20181206074446.pdf?id=ART0000594657|author=藤間繁義|work=[[桃山学院大学]]|publisher=[[CiNii]]|language=ja|accessdate=2018-12-05}}{{Dead link|date=2019年11月 |bot=InternetArchiveBot |fix-attempted=yes }}</ref> 。1902年落成的聖堂在1944年的[[東京大空襲]]中燒毀。二戰後以野瀨秀敏為首的聖職與信眾展開教堂的復原運動，並在聖堂原址信眾提供的戸外倉庫作為禮拜堂復辦彌撒。