實行封閉式管理，確保保稅港區政策功能的有效發揮。洋山保稅港區是海關特殊監管區域，為保證保稅港區政策功能的發揮，確保海關實際監管到位，[[上海海關]]對洋山保稅港區實施全域封閉式管理，即在洋山保稅港區與境內其他地區之間(港、橋、區)設置符合海關監管要求的隔離設施和監控系統。海關在洋山保稅港區陸上區域和與[[東海大橋]]相連接的區域設置全封閉的隔離設施，並在洋山港區、 [[ 東海大橋 ]] 和陸上區域建立全域電視監控系統。同時，[[海關緝私部門]]對洋山保稅港區附近水域實施海上巡查。海關將依法對進出保稅港區的貨物、物品、 [[ 運輸 ]] 工具和保稅港區內的相關場所實行全面監管。

實行資訊化管理，確保現代物流的高效運作。上海海關對洋山保稅港區實行電腦聯網管理，並與保稅港區管委會、口岸管理單位、港務部門等相關單位實行電子聯網，實現資訊共用和行政互助，以提高行政效率。海關對洋山保稅港區 [[ 倉儲物流區 ]] 和 [[ 出口加工區 ]] 內企業實行電子帳冊管理制度，實現 [[ 海關 ]] 對貨物的即時動態監管。建立洋山保稅港區倉儲物流區和出口加工區海關物流監控資訊平臺、卡口聯網監控系統和保稅監管車輛進港錄入系統，實施對進出貨物、車輛的電腦的自動核對與放行，並生成、核扣電子底賬。對洋山保稅港區國際中轉貨物、跨關區轉關貨物、保稅港區內企業間貨物流轉實行資訊化管理。在進、出口查驗卡口配置集裝箱箱號識別儀(電子車牌)、電子閘門、 [[ 電子顯示幕 ]] 、可視對講電話、 [[ 電子地磅 ]] 、GPS車輛管理系統、電子關封閱讀器等設備。通過與H2000海關報關自動化系統聯網，在卡口自動完成通行、預警、提示等功能，卡口通道無人值守，基本實現卡口的自動化運作和智慧化管理。

實行分類管理，努力實現嚴密監管和高效運作的監督設想。洋山保稅港區貿易性質複雜，貨物類型多樣，有進出口貨物、進出境貨物、進出區貿物、港內流轉貨物、保稅港區與特殊區域調撥貨物等等，針對不同類型的貨物，上海海關按照監管要求制定不同的監管通關流程，如在卡口通道設置上，針對進出保稅港區不同貨物的性質和監管要求，採用卡口分道的監管方法，即按照一般貿易進出口貨物、轉關運輸進出口貨物、 [[ 倉儲物流加工區 ]] 進出貨物及社會車輛等設置專用車道，分道進出。而在通關流程上，則針對進出口貨物、進出境貨物、進出區貨物、保稅港區內流轉貨物的不同性質和監管要求，制定不同的通關作業流程，實現對進出保稅港區貨物的嚴密監管 。===[[天津東疆保稅港區]]===包括了物流加工區和碼頭作業區的一部分，面積10平方公里，目前正處於吹填造陸和碼頭建設階段。2006年3月，東疆保稅港區第一個集裝箱碼頭項目，與[[新加坡港務集團]]合資建設的北港池集裝箱碼頭三期工程已經開工。將建設6個10萬噸級集裝箱專用泊位，岸線長2,300米，能力400萬標準箱，總投資66億元。首期占地約2平方公里的物流加工區已經開始招商，今年初已進入建設施工階段。對東疆保稅港區有關監管部門的辦公設施、商務辦公設施等封關前必須具備的基礎設施，今年已動工建設。到今年底，6個集裝箱泊位、約2平方公里物流加工區、海關監管及口岸辦公設施將建成投入使用，具備東疆保稅港區首期封關運作條件。2008年基本完成東側2平方公里綜合配套服務區的建設，為東疆保稅港區工作人員提供生活居住等服務。到2010年，10平方公里的東疆保稅港區造陸工程將全部完成，基礎設施建設初具規模，大量入區企業將正常運營。===[[大連大窯灣保稅港區]]===規劃面積6.88平方公里，規劃範圍涵蓋了大窯灣一期碼頭的部分泊位以及二期、三期碼頭，還有已經進行了兩年"區港聯動"的大連保稅物流園區。 目前，大窯灣保稅港區6.88平方公里規劃面積內，尚有部分區域處於基礎設施建設階段，暫不具備封閉條件，依據總體規劃、分期實施的原則，一期啟動建設面積2.8平方公里，並將按照國家海關總署有關規定，建設圍網、卡口等海關監管隔離設施。待[[國家海關總署]]批准[[大窯灣保稅港區]]一期規劃建設方案後，立即啟動保稅港區圍網、卡口、巡邏道路、查驗場地基礎設施建設工程，今年內完成保稅港區硬體設施建設和相關配套軟體建設，2008年保稅港區可望整體封閉運作 。

===天津東疆保稅港區===包括了物流加工區和碼頭作業區的一部分，面積10平方公里，目前正處於吹填造陸和碼頭建設階段。2006年3月，東疆保稅港區第一個集裝箱碼頭項目，與新加坡港務集團合資建設的北港池集裝箱碼頭三期工程已經開工。將建設6個10萬噸級集裝箱專用泊位，岸線長2,300米，能力400萬標準箱，總投資66億元。首期占地約2平方公里的物流加工區已經開始招商，今年初已進入建設施工階段。對東疆保稅港區有關監管部門的辦公設施、商務辦公設施等封關前必須具備的基礎設施，今年已動工建設。到今年底，6個集裝箱泊位、約2平方公里物流加工區、海關監管及口岸辦公設施將建成投入使用，具備東疆保稅港區首期封關運作條件。2008年基本完成東側2平方公里綜合配套服務區的建設，為東疆保稅港區工作人員提供生活居住等服務。到2010年，10平方公里的東疆保稅港區造陸工程將全部完成，基礎設施建設初具規模，大量入區企業將正常運營。 ===大連大窯灣保稅港區===規劃面積6.88平方公里，規劃範圍涵蓋了大窯灣一期碼頭的部分泊位以及二期、三期碼頭，還有已經進行了兩年"區港聯動"的大連保稅物流園區。 目前，大窯灣保稅港區6.88平方公里規劃面積內，尚有部分區域處於基礎設施建設階段，暫不具備封閉條件，依據總體規劃、分期實施的原則，一期啟動建設面積2.8平方公里，並將按照國家海關總署有關規定，建設圍網、卡口等海關監管隔離設施。待國家海關總署批准大窯灣保稅港區一期規劃建設方案後，立即啟動保稅港區圍網、卡口、巡邏道路、查驗場地基礎設施建設工程，今年內完成保稅港區硬體設施建設和相關配套軟體建設，2008年保稅港區可望整體封閉運作。 按照國務院的批復， [[ 上海 ]] 、 [[ 天津 ]] 、 [[ 大連 ]] 三地保稅港區的政策基本相同，由海關按照“一線放開、二線管住、區內自由、入港退稅”的監管原則，實行封閉化、資訊化、集約化的監管模式，做到手續簡化、通關便捷、物流暢通、運作高效，逐步實現與國際慣例接軌。