直到1936年，该寺一直作为藏传佛教活动场所使用。1938年，在[[蒙古人民共和国]][[大镇压]]期间，该寺被关闭，并受到损毁。1940年，经蒙古学术委员会的批准，该寺被作为建筑文物保留下来。1941年起，国家对该寺进行保护。1942年，国家决定将该寺改为反宗教的博物馆（后来，该寺成为“宗教历史博物馆”）。

兴仁寺建筑群的大多数建筑，即木制建筑，均为蒙古建筑师[[奥木博格]]设计。整体建筑风格受到中国汉式传统建筑的影响，建筑手法类似中国晚清东北地区的手法，又融入了[[西藏|藏式]]喇嘛庙的细部手法。在制作寺院中的法物，特别是[[唐卡]]的过程中，蒙古未来的现代艺术奠基人[[巴尔杜·沙拉布]]参与其中。整个建筑群使用了1821,2千克纯银。