哺乳動物以小黃腹鼠及臭鼩最優勢。兩棲類動物以小雨蛙及黑眶蟾蜍為最常見種類。鳥類也常在山裡的疏林、灌叢間活動，常見的鳥類有鵟、蜂鷹（過境期）、白頭翁、[[綠繡眼]]、喜鵲、鵲鴝、鷦鶯、藍磯鶇、白腹鶇、大陸畫眉、[[栗喉蜂虎]]等，是金門賞鳥的重點地區之一。

===植物===

金門的開發歷史悠久，島上的原始林早年即為居民砍伐殆盡，直至國軍進駐島上後才又開始造林。太武山區還保有金門島上現存不多的原生林，步道上有許多金門的原生植物，如[[朴樹]]、烏臼、合歡、[[楝樹]]、榕樹等。另外由於太武山區長期受強勁東北季風吹襲且土壤淺薄，植物普遍耐乾旱強風，岩生植物為成其當地的重要特色。太武山區其他常見植物還包括[[耳挖草]]、南國薊、[[馬尾松]]、菫菜、匙葉紫苑、[[鐵炮百合]]、天門冬、厚葉石斑木、瓜子金、[[六月雪]]、[[琉璃繁縷]]、繡球繡線菊、大花咸豐草、木麻黃、[[糯米條]]、鹽膚木、潺槁樹、相思樹、郁李、芫花、[[山黃梔]]、桃金孃、小葉赤楠、[[車桑子]]、小葉桑等。