1935年，哈尔西奉命在彭萨科拉飞行学校受训之后出任萨拉托加号航空母舰舰长。两年后调任彭萨科拉飞行学校校长，晋升为海军少将。1938年，哈尔西出任第2航空母舰分遣舰队司令，次年改任第1航空母舰特混舰队司令，旗舰为萨拉托加号。1940年春，升任航空母舰特混舰队司令，指挥太平洋舰队所辖的全部航空母舰，晋升为海军中将。1941年随太平洋局势不断升级，美国海军不断加强太平洋的海空力量。1942年4月，哈尔西和企业号为空袭东京的大黄蜂号护航，1942年4月18日杜立特率16架B-25从大黄蜂号航母起飞，空袭东京成功。哈尔西名声大震，但5月初珊瑚海战役发生之时，哈尔西正在赶往战区的途中。在随后的中途岛战役之前，哈尔西因患皮肤病而被迫住院治疗。没有参加珊瑚海海战和中途岛战役是哈尔西引为遗憾的。1942年10月中旬，瓜达卡纳尔岛战事对美军极为不利，尼米兹任命哈尔西为南太平洋战区最高司令(兼第3舰队司令)，指挥该区的盟国陆海空三军，以扭转战局。10月24日，日军总攻开始，登陆美军则顽强据守，多次击退日军的进攻。哈尔西在11月8日视察亨德森机场时，提出"杀死日本佬!杀死日本佬!杀死更多的日本佬!"的口号以鼓舞守军。在瓜岛随后的一系列消耗战中，美军渐渐占据了上风。 1943年2月，瓜岛日军被迫撤离。罗斯福总统为瓜岛战役的胜利而向哈尔西发出"贺电。哈尔西随后晋升为海军上将。1943年5月，盟国决定从中太平洋和西南太平洋同时向日军发起进攻。哈尔西奉命组织指挥所罗门群岛战役。1943年5月，盟国决定从中太平洋和西南太平洋同时向日军发起进攻。哈尔西奉命组织指挥所罗门群岛战役。

1945年后，哈尔西率部支援硫磺岛和冲绳岛的登陆。随后在海上，除神风外，哈尔西已找不到什么对手。8月15日，日本宣布无条件投降。投降仪式于9月2日在哈尔西的旗舰"密苏里号"战列舰举行。两个月后，哈尔西率部回到旧金山。12月，哈尔西晋升为海军五星上将。1947年，哈尔西退役，并出版了《哈尔西海军上将的故事》。 1959年8月16日，哈尔西在美国旧金山去世。