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无孔亚纲 图片来自solpugid

无孔亚纲（Anapsida）属于羊膜动物，头骨上没有颞颥孔。

它们是爬行动物中最原始的一群，出现于石炭纪晚期。由于龟鳖目演化自双孔亚纲，所以无孔亚纲全部灭绝，其中的米勒古蜥科、夜守龙科、锯齿龙科，都在二叠纪-三叠纪灭绝事件中绝种，只有前棱蜥科仍存活到三叠纪。

无孔亚纲是种传统上的用法，有学者提出这些无孔类动物的彼此关系很远，所以应该被分为几个演化支：出现在晚石炭纪的原始爬行动物（大鼻龙目）、生存在二叠纪的多样性无孔类爬行动物（前棱蜥形目）、以及现存的龟鳖目（海龟、陆龟、水龟）。

最早的龟鳖目化石来自晚三叠纪中国的半甲齿龟（Odontochelys semitestacea），已经很类似现代乌龟。近年有科学家提出，龟鳖目的无孔类形态头颅骨，是种演化逆行现象。这个理论认为龟鳖目演化自双孔类爬行动物，在演化过程中失去两个颞颥孔，这理论还已经被普遍的接受。近期的一些种系发生学研究，根据形态学而将龟鳖目归类于双孔亚纲。

一些研究人员将龟鳖目列为主龙类的姊妹分类单元，其中多数研究人员是将龟鳖目归类于鳞龙形下纲。

大部分分子系统发生学的研究结果，都支持龟鳖目属于双孔亚纲的分类法。某些研究将龟鳖目归类于主龙类，大部分研究则是将龟鳖目列为主龙类的姊妹分类单元。另有一个分子系统发生学研究，将龟鳖目归类于双孔亚纲的鳞龙形下纲，是鳞龙类（蜥蜴、蛇、喙头蜥）的近亲。

他们认为龟鳖目原先被归类于无孔亚纲的原因，是因为原本研究是将龟鳖目作为无孔亚纲的研究主体、参照点，而且原本研究并没有广泛地研究远古无孔类的化石、现存龟鳖目的骨头，以建立演化树。有研究认为，龟鳖目是在2亿7900万到2亿年前演化自双孔类爬行动物。