印度尼西亚共和国总理（印尼語：Perdana Menteri Republik Indonesia）是印度尼西亚共和国（印尼）从1945年至1966年实行议会内阁制期间曾经存在过的一个官职。存在期间，总理是印尼的行政首长、内阁的负责人，而当时的内阁与最高立法机构（相当于议会，开始时是印度尼西亚中央国民委员会，后为人民协商会议）和总统并为印尼政府的三大组成部分。1959年7月5日总统令颁布后，时任总理朱安达率领内阁总辞职，苏加诺总统遂自行兼任总理，组成新内阁并开始行使总理职权，直到他因九三零事件而于1966年下台後，继任的苏哈托总统才正式废除总理职位。