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生物修复（英语：Bioremediation）是一种使用生物体来移除或中和污染现场内污染物的技术。根据美国国家环境保护局的定义，生物修复是一种“使用自然产生的生物体来把有害物质分解成毒性较低或无毒物质的处理方法”。生物修复技术一般可被分为“原地”（in situ）和“异地”（ex situ）。原地生物修复在现场处理污染材料，而异地生物修复则把污染材料带往其他地方处理。与生物修复相关的技术还包括植物修复、生物通风、生物滤化、土地耕耘、生物反应器、堆肥、生物强化、根滤作用和生物刺激。

生物修复可能自己发生（自然衰减或固有生物修复），也有可能只在添加肥料或氧等强化介质内吃污染微生物生长的物质（生物刺激）时有效。例如，美国陆军工程兵部队就成功透过对汽油污染土壤进行堆积风乾和通气来对使用土地耕耘的生物修复进行强化。土壤氮素耗尽状态可能会促进某些含氮有机化合物的分解，而能够大量吸收污染物土壤材料可能会因为对微生物有限的的化学物生物利用度而减慢了生物降解的速度。最近的研究进展还成功证实了对介质添加对应的微生物品系能加强原居微生物人口分解污染物的能力。能够实施生物修复功能的微生物叫“生物修复剂”（bioremediators）。

真菌修复

真菌修复是生物修复的形式之一，其中真菌被用于净化污染区域。术语真菌修复具体是指在生物修复中使用真菌的菌丝体。

在生态系统中真菌的主要角色之一是分解作用，这是由菌丝体执行。菌丝体分泌真菌胞外酶活动和酸分解木质素和纤维素，这些是植物纤维的两个主要组成部分。这些由碳和氢的长链，在结构上类似的许多有机污染物组成的有机化合物。使用真菌修复的关键是针对特定污染物确定合适的真菌种类。据报道某些菌株已经成功地降低了神经毒素VX和沙林毒气。

真菌过滤是一个类似的过程，用真菌菌丝体在土壤里的水中过滤有毒的废物和微生物。

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