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生物修復（英語：Bioremediation）是一種使用生物體來移除或中和污染現場內污染物的技術。根據美國國家環境保護局的定義，生物修復是一種「使用自然產生的生物體來把有害物質分解成毒性較低或無毒物質的處理方法」。生物修復技術一般可被分為「原地」（in situ）和「異地」（ex situ）。原地生物修復在現場處理污染材料，而異地生物修復則把污染材料帶往其他地方處理。與生物修復相關的技術還包括植物修復、生物通風、生物濾化、土地耕耘、生物反應器、堆肥、生物強化、根濾作用和生物刺激。

生物修復可能自己發生（自然衰減或固有生物修復），也有可能只在添加肥料或氧等強化介質內吃污染微生物生長的物質（生物刺激）時有效。例如，美國陸軍工程兵部隊就成功透過對汽油污染土壤進行堆積風乾和通氣來對使用土地耕耘的生物修復進行強化。土壤氮素耗盡狀態可能會促進某些含氮有機化合物的分解，而能夠大量吸收污染物土壤材料可能會因為對微生物有限的的化學物生物利用度而減慢了生物降解的速度。最近的研究進展還成功證實了對介質添加對應的微生物品系能加強原居微生物人口分解污染物的能力。能夠實施生物修復功能的微生物叫「生物修復劑」（bioremediators）。

真菌修復

真菌修復是生物修復的形式之一，其中真菌被用於淨化污染區域。術語真菌修復具體是指在生物修復中使用真菌的菌絲體。

在生態系統中真菌的主要角色之一是分解作用，這是由菌絲體執行。菌絲體分泌真菌胞外酶活動和酸分解木質素和纖維素，這些是植物纖維的兩個主要組成部分。這些由碳和氫的長鏈，在結構上類似的許多有機污染物組成的有機化合物。使用真菌修復的關鍵是針對特定污染物確定合適的真菌種類。據報道某些菌株已經成功地降低了神經毒素VX和沙林毒氣。

真菌過濾是一個類似的過程，用真菌菌絲體在土壤里的水中過濾有毒的廢物和微生物。

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