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國家微生物科學數據中心(National Microbial Data Center ,NMDC)由中科院微生物研究所作為依託單位,聯合中科院海洋所、中國疾控中心傳染病所、中科院植物生理生態所,中科院計算機網絡信息中心等單位共同建設,科技部國家科技基礎條件平台中心和中科院辦公廳為上級主管部門。

機構簡介

中心數據資源總量超過2PB,數據記錄數超過40億條,數據內容完整覆蓋微生物資源、微生物及交叉技術方法、研究過程及工程、微生物組學、微生物技術[1]以及微生物文獻、專利、專家、成果等微生物研究的全生命周期。中心重點推進微生物領域科技資源向國家平台匯聚與整合,加強微生物資源開發應用與分析挖掘,提升微生物資源有效利用和科技創新支撐能力,為科學研究、技術進步和社會發展提供高質量的科技資源共享服務。

數據情況

資源簡介

數據資源包括微生物資源及編目數據、基因組、宏基因組數據、生物安全等共計61個數據庫,資源總量超過2PB,數據記錄數超過40億條。重點數據庫:全球微生物菌種目錄數據庫已收錄全球48個國家的129個保藏機構的45萬菌株保藏信息。全球模式菌株全基因組數據庫,五年內完成萬種細菌、真菌模式等菌種的測序,並完成標準開發、數據平台、數據挖掘等工作。

資源體系

微生物資源

特色資源

全球微生物菌種目錄數據庫

全球模式菌株全基因組數據庫

微生物宏基因組數據庫

食源性致病微生物全基因組數據庫[2]

生物資源引用數據庫

全球流感病毒數據庫

數據服務

服務方式

微生物數據中心服務模式分為在線數據服務和離線數據服務兩種,在線服務主要提供在線數據下載和服務,離線數據服務包括電話諮詢、信息諮詢以及根據用戶需求製作專題數據產品等。

數據處理

微生物組學分析

食源性致病微生物溯源分析

微生物物種鑑定分析

數據特色

全球冠狀病毒組學數據共享與分析系統

冠狀病毒是一大類病毒,已知會引起疾病,患者表現為從普通感冒到重症肺部感染等不同臨床症狀,例如中東呼吸綜合徵(MERS)和嚴重急性呼吸綜合徵(SARS)。此次武漢發現的新型冠狀病毒2019-nCov是一種以前尚未在人類中發現的新型冠狀病毒,屬於冠狀病毒β屬,該病毒被國際病毒分類委員會(ICTV) 冠狀病毒研究小組(CSG)命名為「SARS-CoV-2」(Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2)。世界衛生組織將由該病毒感染引起的疾病命名為「COVID-19」(Corona Virus Disease 2019)。為做好新型冠狀病毒感染的肺炎疫情防控和科研工作支撐,國家微生物科學數據中心發布「全球冠狀病毒組學數據共享與分析系統」 。該系統通過集成冠狀病毒基因與全基因組數據,並整合相似性比對,系統進化分析等工具,實現全球病毒組學數據集成與流程化的分析挖掘,幫助進行病毒的變異、溯源、進化等研究,並促進國內外冠狀病毒數據匯集與綜合分析及共享。

參考文獻

  1. 微生物技術助力生態提升,搜狐,2021-07-14
  2. 數據庫發展史 ,搜狐,2019-07-12