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多重耐藥菌（耐多藥微生物，multiple resistant bacteria），指有多重耐藥性的病原菌。其定義為一種微生物對三類（比如氨基糖苷類、紅黴素、β－內酰胺類）或三類以上抗生素同時耐藥，而不是同一類三種。

耐藥機理

多重耐藥性(multiple resistance, MDR) 系指同時對多種常用抗微生物藥物發生的耐藥性，主要機制是外排膜泵基因突變，其次是外膜滲透性的改變和產生超廣譜酶。最多見的是革蘭陽性菌的MDR-TB和MDR-MRSA， 以及常在ICU中出現的鮑曼不動桿菌和銅綠假單胞菌，僅對青黴烯類敏感; 嗜麥芽窄食單胞菌幾乎對複方新諾明以外的全部抗菌藥耐藥。MDR的出現決定了聯合用藥的必然； MDR菌株的高頻率出現，意味着抗微生物藥物時代即將結束。

微生物耐藥率不斷增加的原因主要是：不合理使用和濫用，如美國用於人類抗感染與農牧業應用各占50%，其中用於院內抗感染僅占20%，而社區卻占了80%，濫用率為20%~50%；在農牧業中治療性應用僅占20%，而預防和促生長應用卻占了80%，濫用率為40%~80%，每年有4萬死亡病例是由耐藥菌所致。中國的濫用現象較美國更為嚴重，WHO對中國濫用抗菌藥的評估是：中國97%的病毒性支氣管感染患者使用了抗菌藥；在初級醫療保健體系中30%~60%患者使用了抗菌藥。

細菌對抗菌藥物的耐藥機制可有多種，最重要者為滅活酶如β-內酰胺酶、氨基糖苷鈍化酶等的產生；次為靶位改變如青黴素結合蛋白(PBPs)改變等；其他尚有胞膜通透性改變，使藥物不易進入；細菌泵出系統增多、增強，以排出已進入細菌內的藥物；以及胞膜主動轉運減少、建立新代謝途徑、增加拮抗藥物等，兩種以上的機制常可同時啟動。 　

細菌特別是條件致病菌，因經常有機會與各種抗菌藥物接觸，故在細菌細胞內的質粒、染色體、轉座子、整合子等上可有耐藥基因或多種耐藥基因的積聚，並藉結合、轉導和轉化而在不同種細菌、革蘭陽性菌和革蘭陰性菌間彼此頻繁交換，耐藥基因一旦獲得較長期存留。轉座子和整合子(以及更小的DNA片段)由於分子量小和活動自如，故在耐藥基因轉移和MDR形成中起主導作用。

在正常情況下由於染色體介導的耐藥性， 耐藥菌往往帶有一定缺陷，而質粒介導產生的耐藥菌則與敏感菌一樣，可迅速生長繁殖。但無論質粒或染色體介導的耐藥性，一般只發生於少數細菌中，難與占壓倒優勢的敏感菌競爭，故其危害性不大；只有當敏感菌因抗菌藥物的選擇性壓力(selective pressure)而被大量殺滅後，耐藥菌才得以迅速繁殖而成為優勢菌，並導致各種感染的發生。因此耐藥菌及MDR的發生和發展是抗菌藥物廣泛應用，特別是無指征濫用的後果。

耐藥菌株

MDR大多為條件致病菌，革蘭陰性桿菌(GNR)占較大比例，如腸桿菌科中的肺炎桿菌、大腸桿菌、陰溝桿菌、粘質沙雷菌、枸櫞酸菌屬、志賀菌屬、沙門菌屬等，以及綠膿桿菌、不動桿菌屬、流感桿菌等。革蘭陽性菌中有甲氧西林耐藥葡萄球菌(MRS)，尤以MRSA和MRSE為多；萬古黴素耐藥腸球菌(VRE)，在重症監護室(ICU)中的發病率有明顯增高；青黴素耐藥肺炎鏈球菌(PRSP)，常引起肺炎、腦膜炎、菌血症和中耳炎，人結核分支菌等。此外尚有淋球菌、腦膜炎球菌、霍亂弧菌等。

預防建議

下列一些建議可能有助於防止MDR的滋長和和繁衍： 1. 嚴格管理MDR感染患者(及帶菌者)，辟專室、專區進行隔離；

2. 由訓練有素的專職醫護人員對MDR感染者進行醫療護理，發現為帶菌者時暫調離工作崗位；

3. 檢查每一病員前必須用消毒液洗淨雙手，並按需要更換口罩、白大衣或手套；

4. 每日嚴格進行病室的環境消毒；

5.對醫務人員進行「謹慎和合理使用抗菌藥物」的再教育；

6. 國內外各地區進行統一操作規程的耐藥菌及MDR監測；

7. 嚴格執行抗菌藥物的管理制度，抗菌藥物必須有合格醫生的處方，萬古黴素、廣譜頭孢菌素類、碳青黴烯類等必須經指定醫生復簽後方可發藥；

8. 國內外感染病專業人員(包括管理人員)定期開會、討論和合作。 　

在醫院或地區內將抗菌藥物分期分批輪替使用，可能有助于敏感菌戰勝MDR，但需國內外多地區推行和鑑定後，始能作出有效與否的正確判斷。加入乳酸桿菌和雙歧桿菌於保健品中當無可非議，但加入有致病可能的腸球菌屬似並不妥當。低毒、對控制MDR有效的新抗菌藥物自當更多開發，但合理用好現有抗菌藥物無疑具有更重要的實際意義。

限制使用

2015年11月18日，研究人員說，在從中國人和豬體內採集的細菌（包括具有傳染性的細菌樣本）中，發現了一種能對終極抗生素產生強耐藥性的新基因。

科學家稱這一發現「令人擔憂」，並呼籲緊急限制多粘菌素的使用。

感染預測因素

預測標準1 與護理相關的革蘭陰性棒狀菌感染，往往是耐藥腸桿菌引發的,除非進行過有創性操作，否則非發酵菌引發感染的可能性不大。使用氟喹諾酮與氟喹諾酮耐藥的發生關係密切。

預測標準2 在使用某種抗生素後發生感染，提示有可能對這種藥物產生耐藥，並且對所有聯合選擇藥物(co-selected agents)發生耐藥的可能性也有所增加。