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《神鬼疑雲》 (The Bourne Supremacy)是神鬼認證系列小說的第二本小說，美國驚悚小說之父勞勃·勒德倫寫下的傑森·包恩系列第二本小說，前集是《神鬼認證》 (The Bourne Identity)，而後集則是《神鬼通牒[1] 》 (The Bourne Ultimatum)。
《神鬼疑雲》在2004年的時候已經被翻拍成了電影，《神鬼認證：神鬼疑雲》由保羅·葛林葛瑞斯執導，麥特·戴蒙主演，逃亡英雄傑森·包恩再度現身大銀幕上。
內容
九龍的一間酒店發生血腥命案，死者五人中赫見中華人民共和國副總理，署名行兇者竟是傑森·包恩！可是真正的包恩人遠在千里之外的波士頓，參加學術性的演討會，於是，更大的疑雲再等著包恩揭發。
華府根據情報得知是一名殺手自稱傑森·包恩，他的僱主是中共新興勢力沈昭陽，這名官員表面為信仰共產主義，私下卻與資本主義國家接觸，若是提前發生動亂，很有可能導致中國提早在中英協定前接收香港，華府為了發生此種情形，特別與MI6合作，為的要召喚真正的傑森·包恩回來，於是綁架了包恩的妻子瑪莉，幾近崩潰的包恩立刻前往香港，尋找瑪莉。
瑪莉在知道真相後，急於找到韋伯/包恩，於是他先是裝病逃出醫院後，找到了他在加拿大領事館的朋友，在她的保護下暫時安全，另一方面，包恩一直透過少數的線索企圖追尋傑森·包恩，因為他必須拿這冒牌貨去換回他最親愛的妻子，後來他遇上了梅杜莎時期的老戰友菲力普·戴仇(代號Echo，回聲)，原來冒牌貨是由戴仇所挑中，但他卻背叛了戴仇，戴仇最後與包恩合作，要找到冒牌的傑森·包恩以免更多的事情發生。
前言
在前一集當中，男主角傑森·包恩得到了失憶症。在尋找記憶的途中，他遇到了一名加拿大經濟學家瑪莉·聖雅各，並且靠著她的幫助逐漸找回自己的記憶。原來傑森·包恩是美國政府越戰時期機密計畫「梅杜莎」的菁英，在越戰結束後，被徵召參加CIA底下踏腳石七一計畫，代號為「肯恩」任務是引誘歐洲第一殺手卡洛斯出現，最後兩人的對決，卡洛斯身負重傷逃走了，包恩同樣身受重傷，但是最後仍被救活。
在神鬼疑雲當中，包恩逐漸能夠對於他的記憶傷痛能夠應變自如。包恩並且使用他的真名大衛·韋伯在緬因州一所大學擔任語言學系教授，韋伯也與他的愛人瑪莉快樂的住在一起，韋伯並且定時接受他的心理醫師莫瑞·潘諾夫 (Morris Panov)的治療，他也在美國政府的隱密的保護之下。