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輔因子(Cofactor)不與酶直接結合
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輔因子，（Cofactor），酶裡面的非蛋白質成分。 如果從完整的酶（全酶 Holoenzyme）中除去輔因子，則蛋白質成分脫輔基酶（apoenzyme）不再具有催化活性。 輔因子與脫輔基酶牢固結合且不能變性被稱為輔基（prosthetic group）。 大多數這樣的基團包含金屬原子，例如銅或鐵。 輔因子鬆散結合到脫輔基酶上（很容易分離）形成輔酶（Coenzyme）。 輔酶參與催化反應，在反應過程中被修飾，可能需要另一種酶催化反應（enzyme-catalyzed reaction）才能恢復其原始狀態。

一些生物學家認為與酶結合的所有輔助分子都是輔因子，而另一些則將化學物質分為三類：

• 輔酶：與酶鬆散結合的非蛋白質有機分子。許多輔酶（不是全部）是維生素或源自維生素。許多輔酶都含有單磷酸腺苷（AMP）。輔酶可以描述為酶底物或輔基。
• 輔因子（Cofactor）：是無機物或至少是非蛋白質化合物，可通過增加催化速率來輔助酶的功能。通常，輔因子是金屬離子。一些金屬元素沒有營養價值，但是一些微量元素在生化反應中起輔因子的作用，包括鐵，銅，鋅，鎂，鈷和鉬。一些似乎對營養很重要的微量元素似乎不充當輔因子，包括鉻，碘和鈣。
• 酶底物（Cosubstarte）：與蛋白質緊密結合的輔酶，但會被釋放並在某些時候再次結合。

輔酶和輔因子都是幫助酶或蛋白質適當發揮功能的分子。輔酶是有機分子，通常與酶的活性位點鬆散結合併有助於底物募集，而輔因子不與酶結合。輔因子是「輔助分子」，本質上可以是無機或有機的。這些包括金屬離子，通常是增加特定酶催化反應的催化速率所必需的。這些輔酶和輔因子在許多細胞代謝反應中起著不可或缺的作用，它們在結構和功能上均起著輔助催化作用的作用。

礦物質及微量元素是身體許多酵素的輔因子（意指「催化者」），皆是維持人體正常生理機能運作不可或缺的營養素。例如：鐵和銅參與能量代謝、鋅參與了核酸DNA的合成、鉻可促使耐糖因子產生來調控血糖、鈣與肌肉收縮和神經傳導有關、硒則與抗氧化解毒有關。