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鰓囊圓口類在鰓裂中間擴張而成為鰓囊，其中生出許多鰓葉而形成鰓。鰓囊的數目一般為6—8對，多者達10—14對 。在鰓囊與咽頭之間為水的流入管，它與體外之間的部分，成為流出管。八目鰻具有7對鰓囊，它的流入管在食道下面，開口於口腔的盲囊狀的1條呼吸管（respiratory tube）內。分別通過流出管開口於體外，盲鰻的鰓囊為6對，流入管直接開口於咽頭，但流出管在各體側匯合成1個開口。

鰓弓

鰓弓中最前部的即第一鰓弓是頜弓，其次是舌弓，以下則稱為鰓弓。在哺乳類，頜弓的表面分化成耳殼前半、外耳道、鼓膜外側面、頰部、口唇、大唾液腺、頜、口腔前庭、舌體；內面則形成耳管、中耳、乳突竇、鼓膜內側面。頜弓的肌肉形成下頜神經支配的咀嚼肌、下頜二腹肌前腹、鼓膜張肌。舌弓的表面，形成耳殼後半和頸的上部，內面形成舌根和咽頭的一部分。

鰓裂

咽部兩側一系列成對的裂縫，直接或間接與外界相通。低等脊索動物及魚類的鰓裂終生存在，其他脊椎動物僅在胚胎期有鰓裂。 特指魚類時又稱"咽鰓裂