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Shrna

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shRNA是英文單詞short hairpin RNA的縮寫。翻譯為"短髮夾RNA"。shRNA包括兩個短反向重複序列。克隆到shRNA表達載體中的shRNA包括兩個短反向重複序列，中間由一莖環(loop)序列分隔的，組成髮夾結構，由polⅢ啟動子控制。隨後再連上5-6個T作為RNA聚合酶Ⅲ的轉錄終止子。

在活體中輸送"小干擾RNA"(siRNA)的一種辦法是，將siRNA序列作為"短髮夾"克隆進質粒載體中。當送入動物體內時，該髮夾序列被表達出來，形成一個"雙鏈RNA"(dsRNA)，並被RNAi通道處理。然而，對成年小鼠肝臟中shRNA的表達的長期效應所做的一項研究為我們敲響了警鐘。該研究結果表明，很多shRNA在小鼠中表達時是有毒的。這種經常是致命的毒性似乎是由shRNA與內生微RNA之間為與Exportin-5結合所展開的競爭造成的。Exportin-5是一個參與將分子輸送出細胞核的因子。人們對開發基於shRNA的療法非常感興趣，而此前幾乎沒有證據表明shRNA在活體中有很強毒性。

基本信息

中文名稱; 短髮夾RNA

外文名稱; short hairpin RNA

縮寫; shRNA

包括; 兩個短反向重複序列

實驗載體; 成年小鼠

競爭者; 內生微RNA

設計

1. 克隆到shRNA表達載體中的shRNA包括兩個短反向重複序列，中間由一莖環(loop)序列分隔的，組成髮夾結構，由pol Ⅲ啟動子控制。隨後再連上5-6個T作為RNA聚合酶Ⅲ的轉錄終止子。

2. 兩個互補的寡核苷酸兩端須帶有限制性酶切位點。

3. Stratagene發現29個寡核苷酸較之原先推薦的23個寡核苷酸可以更有效地抑制目的基因。

4. 在啟動子下游的酶切位點下方緊連一個C，使插入片段和啟動子有一定空間間隔以確保轉錄的發生。

5. ShRNA目的序列的第一個鹼基必須是G以確保RNA聚合酶轉錄。如果選擇的目的序列不以G開頭，必須在緊連正義鏈的上游加一個G。

6. shRNA插入片段中的莖環應當靠近寡核苷酸的中央。不同大小和核苷酸序列的莖環都被成功的運用過。其中包含一個獨特的限制性酶切位點的莖環利於檢測帶有shRNA插入片段的克隆。在比較了眾多不同長度和序列的莖環，5'TCAAGAG3'序列最為有效。

7.5-6個T必須放置在shRNA插入片段尾部以確保RNA聚合酶III終止轉錄。

8.在正義鏈和反義鏈序列上不能出現連續3個或以上的T。這可能導致shRNA轉錄的提前終止。