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柯尔克孜人最早信仰萨满教。约在公元10世纪柯尔克孜人的意识中还充满着崇拜自然神的宗教观念，主要是水神和草神。这跟当时柯尔克孜人（时称黠戛斯）以游动的畜牧业经济为生有密切关系。
柯尔克孜人最初是崇拜图腾。有名的图腾是雪豹和鹿，柯尔克孜族世界着名作家 [[ 艾特玛托夫 ]] 的小说《白轮船》讲述的也是跟母鹿有关）。除此，还信仰“乌买”女神信奉祖先和天神，他们朝南方祷告，崇拜太阳，认为火星不吉利。
到了清代，才转信伊斯兰教，属于正统的逊尼派。柯尔克孜族绝大部分人信仰伊斯兰教。他们早在16世纪中叶就已经开始信奉伊斯兰教了。他们信仰伊斯兰教逊尼派的哈纳菲派。礼拜寺是教徒活动的主要场所。礼拜寺多数建在城市。教规五功：“念功”、“拜功”、“课功”、“斋功”、“朝功”。