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博物馆早在明治时代的创始初期就开始使用其预算经费有计划地购入藏品。其中有代表性的藏品是1873年从当时的白川县购入的江田船山古坟出土品（国宝）。另外，平安时代的著名画作普贤菩萨像（国宝）、[[尾形光琳]]的八橋蒔绘手箱（国宝）、[[本阿弥光悦]]的舟橋蒔绘硯箱（国宝）等，都是在迁至上野公园现址之前就购入的珍贵文物。
此外，馆藏品的充实也有赖于多位私人收藏家的捐赠。其中有中国书画方面的高島藏品系列（[[高岛菊次郎]]捐赠）、中国陶瓷方面的横河藏品系列（[[横河民辅]]捐赠）、中国陶磁与茶道具为主的广田藏品系列（广田松繁捐赠）、朝鮮美术方面的小仓藏品系列（小仓武之助收集、财团法人小仓藏品保存会捐赠）最为著名。此外，尽管不是捐赠品，[[松方幸次郎]] <ref>[https://kknews.cc/zh-tw/culture/5ny4r33.html 梵谷的「臥室」曾經是他的]kknews 2019-06-17</ref> （西洋美术收藏家、1865-1950）也将约8000件左右的浮世绘藏品一次性存入东京国立博物馆<ref>该浮世绘藏品系列，是系松方幸次郎从法国珠宝商手中一次性购得，通过十五银行，于1944年收入帝室博物馆。</ref> 。
在东京国立博物馆中有大量藏品系列的收藏家如下：