中游從瑞芳至南港，在瑞芳附近由東南轉北再轉往西流去，本段的河谷逐漸加寬，河床坡度逐漸減緩，水量增大，鵝卵石錯落其間，主要有峽谷、掘鑿曲流及河階地形。

基隆河八堵至南港間掘鑿曲流發達，基隆河在原本的沖積平原上切割出來的曲流地形原本十分顯著，但是掘鑿曲流深切後，受到基盤岩石或者河岸丘陵岩層的限制，曲流形貌已遭受破壞，在河岸兩側，地形十分不對稱；曲流凹岸侵蝕力強，切割山坡，而凸岸部分則堆積形成階地。八堵、七堵、六堵、五堵都是利用河階地形凸岸的一側，發展而成的聚落。<ref>[http://www.nkps.tp.edu.tw/00075/country/outdoor/kl-river.htm 基隆河]</ref>

===下游===