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1586年（万历十四年）夏回[[北京]]，次年升任翰林院修撰。历任国子监司业、司经局洗马，纂修玉牒，充经筵讲官。
[[File:杨起元2.jpg|缩略图|左|[https://ss1.bdstatic.com/70cFuXSh_Q1YnxGkpoWK1HF6hhy/it/u=10854643,2155829692&fm=15&gp=0.jpg 原图链接] 杨起元研究 [https://www.morningstar.com.tw/bookinfo.aspx?bookno=0180029 来自台湾晨星网路书店]]]
1592年，因父亲病逝，回惠州守孝。讲学于永福寺文昌阁。应知府之请，编纂《惠州府志》。助筑平湖堤，作《重修拱北堤记》。
杨起元以理学著名，但“学不讳禅”，对道教书籍亦多所涉猎。持论以《大学》之道，“在明德，在亲民，在止于至善”为宗，而要归于“孝、悌、慈”。
[[File:杨起元3.jpg|缩略图|[https://ss0.bdstatic.com/70cFuHSh_Q1YnxGkpoWK1HF6hhy/it/u=1581629069,1184769467&fm=26&gp=0.jpg 原图链接] 杨起元著作 [http://book.kongfz.com/257987/930647180/ 来自孔夫子旧书网]]]
==著作==