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1586年（万历十四年）夏回[[北京]]，次年升任翰林院修撰。历任国子监司业、司经局洗马，纂修玉牒，充经筵讲官。
[[File:杨起元2.jpg|缩略图|左|200px|[https://ss1.bdstatic.com/70cFuXSh_Q1YnxGkpoWK1HF6hhy/it/u=10854643,2155829692&fm=15&gp=0.jpg 原图链接] 杨起元研究 [https://www.morningstar.com.tw/bookinfo.aspx?bookno=0180029 来自台湾晨星网路书店]]]
1592年，因父亲病逝，回惠州守孝。讲学于永福寺文昌阁。应知府之请，编纂《惠州府志》。助筑平湖堤，作《重修拱北堤记》。