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* 開元寺坐西朝東，在蔣元樞整修之後為四殿兩廂房的建築群，為符合[[伽藍七堂]]的寺院{{r|王}}。從北園街上的[[山門]]進入後，便是寬廣的廟埕，廟埕北邊立有碑亭。而過了廟埕之後，便是三川門，其中央寬五開間，有三對由臺南名師[[蔡草如]]所繪的門神，分別是中央的[[韋馱]]與[[伽藍]]護法與兩側的[[四大天王]]{{r|傅}}。而在三川門之上，外掛有「開元寺」匾，內則掛「小西天」匾，門旁還有清代名士[[林朝英 (清朝)|林朝英]]所書的楹聯{{r|傅}}。而在三川門之內，則於兩側供奉[[哼哈二將]]{{r|傅}}。  * 進了三川門後，其後便是彌勒殿（天王殿），左邊則為開山堂，右邊為淨業堂。彌勒殿供奉[[彌勒佛]]與四大天王，而在彌勒佛背後則供有韋馱神像{{r|傅}}。開山堂裡因該寺與鄭經與其母董夫人有淵源，而供有延平郡王[[鄭成功]]神位{{r|傅}}，此外堂中還供有[[弘法大師]]塑像及西天東土歷代祖師香位，牆上還掛有歷代住持畫像並附略傳{{r|遠}}。弘法大師塑像是已廢寺的[[台灣日治時期|日本時代]][[真言宗]]台南高野寺的遺物。淨業堂裡主祀[[地藏王菩薩]]和眾多信徒的牌位，而乾隆年間的知府蔣元樞重修該寺時所立的「重修海會寺圖碑」正存放於此堂中{{r|遠}}。  * 彌勒殿之後便是大雄寶殿，供奉[[釋迦牟尼]]、[[普賢菩薩]]與[[文殊菩薩]]，另外還陪祀了多尊菩薩、尊者與[[十八羅漢]]{{r|遠}}。而在此殿中亦存有康熙時由首任住持志中禪師閉關三年募款，於康熙三十四年（1695年）鑄成的銅鐘{{r|遠}}。  * 而經過大雄寶殿後方的拜亭之後，便是大士殿。該殿為新建的鋼筋混擬土建築，一樓中央為正殿，供奉[[觀音菩薩]]，其左為功德堂，右為南山堂，而二樓中央則主祀[[千手千眼觀世音菩薩|千手觀音]]，旁有小型的地藏王殿與鄭王殿，此外這裡還附設有民國六十八年（1979年）創辦的「慧光圖書館」{{r|遠}}。其中南山堂是紀念佛教[[律宗|南山律宗]]創始人[[道宣]]而建，而功德堂裡則有北園別館時的古井，因鄭經的生活起居用水來自此井，故名鄭經井，此外這裡還有當年鑿井挖出的白色海螺化石，乃鎮寺之寶{{r|遠}}。  * 在彌勒殿與大雄寶殿的兩邊有左右護龍，其中左護龍仍是日治時期昭和八年（1933年）整修時的樣貌，呈現日式建築的素木風格，於此設有禪房、客堂與父母堂{{r|遠}}。右護龍則已改為磚石建築，其中設有供奉禪宗[[達摩祖師]]的祖師殿{{r|遠}}。而在護龍之外，則有新建的二層樓禪房{{r|遠}}。