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因应2019年深圳市口岸办公室根据《粤港澳大湾区发展规划纲要》对深圳各口岸功能进行优化和调整，加上口岸使用时间较长设施设备陈旧老化和安全隐患，皇岗口岸将进行重建，总建设工期预计约3年半。建成后，皇岗口岸将取消货车通关，改为纯旅检通道，与港方实施“合作查验、一次放行”（即一地两检） <ref>[http://sz.people.com.cn/n2/2019/1203/c202846-33599951.html 皇岗口岸重建2022年将完工 实现“一地两检”]，人民网，2019-12-3</ref> ，同时引入深广中轴城际轨道、穗莞深城际轨道，以及深圳地铁20号线等，已预留空间供港铁北环线支线接入，施工期间将建设临时旅检场地以不影响客货检通关。