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南京东站为上海铁路局的直属车站，最初下辖栖霞山北和兴卫村站。2003年12月原由丹阳车务段管辖的龙潭和[[栖霞山站]]并入南京东站管辖，2005年5月23日原南京南直属站（中华门）整体建制并入，2011年3月28日原由南京直属站管辖的江北七站改由本站管辖。车站下辖有21个自然站，包括路网型特等编组站南京南站、一等区段站南京北站、二等货运站[[中华门站]]，以及其他7个三等站和11个四、五等站。2018年起又开始管辖尧化门站。

宁芜：[[紫金山站]]、[[沧波门站]]、[[光华门站]]、[[中华门站]]、[[西善桥站]]、[[建宁站]]、[[古雄站]]、[[江宁镇站]]、[[铜井站]]