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1994年2月25日，国务院办公厅发出《国务院办公厅关于印发交通部职能配置、内设机构和人员编制方案的通知》（国办发〔1994〕29号），批准交通部设13个职能司局和机关党委。
2008年3月15日，第十一届全国人民代表大会第一次会议通过《第十一届全国人民代表大会第一次会议关于国务院机构改革方案的决定》，批准《国务院机构改革方案》。方案规定：“组建交通运输部。将[[ 中华人民共和国交通部]] 、[[中国民用航空总局]]的职责，建设部的指导城市客运职责，整合划入交通运输部。组建国家民用航空局，由交通运输部管理。国家邮政局改由交通运输部管理。保留[[铁道部]]，继续推进改革。不再保留交通部、中国民用航空总局。”