==总统任期==
=== 战争开始 ===
{{Main|南北战争|桑特堡战役}}
[[File:Major Robert Anderson.jpg|alt=portrait|thumb|200px|[[罗伯特·安德森 (美国内战)|安德森少校]]，萨姆特堡指挥官]]
南卡罗来纳州萨姆特堡的指挥官[[罗伯特·安德森 (美国内战)|罗伯特·安德森少校]]向华盛顿要求提供军需，而林肯同意了这一要求，分离主义者们视此为战争行为。1861年4月12日，联邦军队向[[桑特堡战役|萨姆特堡]]的联邦军队开火，迫使他们投降，内战由此开始。史学家{{Link-en|阿兰·内文斯|Allan Nevins}}称新上任的林肯犯了三个错误：轻视了危机的严重程度、夸大了南方同情联邦的程度，以及没有意识到南方同情联邦的人坚持要求不要入侵<ref>Allan Nevins, Ordeal of the Union'' (1959) vol 5 p 29</ref>。
[[威廉·特库姆塞·舍曼]]在林肯就职的当周与他交谈，对他没有意识到“国家正安眠于火山口之上”和南方已经在为战争做准备感到“十分失望”<ref>Sherman, pp. 185–186.</ref>。唐纳德说：“在就职和萨姆特堡走火之间的几个月里，他不停地试图避免冲突，这体现他对‘不洒下第一滴同胞的血’的承诺的坚持；然而他同样承诺堡垒不会投降。这相互矛盾的立场的结果便是邦联必须打响第一枪，而事实上他们也就这么做<ref>Donald (1996), p. 293.</ref>。”
4月15日，林肯要求所有州派出总共75,000名军人，重夺堡垒，保卫华盛顿，“保护联邦”——在他的眼中，联邦仍然存在。这一要求使各州必须决定立场。弗吉尼亚宣布脱离，作为奖励，邦联定都[[里士满 (弗吉尼亚州)|里士满]]，虽然里士满距离联邦相当近。北卡罗来纳、田纳西和阿肯色也在之后的两个月投票决定脱离。脱离的意向在密苏里和马里兰十分强烈，但最终没有成行；肯塔基则试图保持中立<ref name="Oates, p. 226">Oates, p. 226.</ref>。
在林肯发出命令之后，军队前往华盛顿保卫首都。4月19日，巴尔的摩控制铁路的分离分子[[1861年巴尔的摩暴动|攻击邦联军队]]。林肯暂停[[人身保护令]]，由此巴尔的摩市长乔治·威廉·布朗和其他马里兰州有嫌疑的政客在未被批准的情况下被逮捕和羁押<ref>Heidler (2000), p. 174.</ref>。马里兰州一个分离主义团体的领袖约翰·梅里曼上书首席大法官[[罗杰·B·托尼]]，希望他开出人身保护令，并称不经审讯便关押他是非法的。托尼签署人身保护令，由此要求释放梅里曼，但林肯无视这一要求。在这之后和战争期间，林肯受到反战民主党人的强烈抨击，这些人被称为“{{Link-en|铜头蛇 (政治)|Copperhead (politics)|铜头蛇}}”<ref>Scott, pp. 326–341.</ref>。
===联邦总指挥===