在《解放奴隶宣言》出台之后，将前奴隶召入军队成为一项官方政策。至1863年春，林肯已经准备好大量招募黑人士兵。在写给田纳西州战时州长[[安德鲁·约翰逊]]的信中，林肯鼓励他领头招募黑人军人，并写到：“50,000名武装且受训的黑人士兵出现在密西西比河岸上，将能够立刻终结叛乱<ref>Donald (1996), pp. 430–431.</ref>。”至1863年年末，在林肯的指示下，{{Link-en|洛伦佐·托马斯|Lorenzo Thomas}}将军已经从密西西比河谷招募20个团的黑人士兵<ref>Donald (1996), p. 431.</ref>。[[弗雷德里克·道格拉斯]]如此评论林肯：“在他身边，我从来没有想起我的卑微出身，或是我那不受欢迎的肤色<ref>Douglass, pp. 259–260.</ref>。”
===格兰特将军===
[[File:The Peacemakers 1868.jpg|thumb|left|250px|林肯（中右）与（自左）[[威廉·特库姆塞·舍曼|舍曼]]、[[尤利西斯·辛普森·格兰特|格兰特]]和{{Link-en|大卫·迪克逊·波特|David Dixon Porter|波特}}。1868年作品。]]
米德没能在李的军队从葛底斯堡撤退时擒获之，波托马克军团又一直处于被动状态，林肯决定应当撤换指挥。[[尤利西斯·辛普森·格兰特|尤利西斯·S·格兰特]]将军在{{Link-en|希洛战役|Battle of Shiloh}}和{{Link-en|维克斯堡战役|Vicksburg campaign}}中的胜利给林肯留下深刻的印象，林肯将他列为联邦军总指挥的候选人。在希洛战役之后格兰特受到批评，而林肯说：“我不能放弃这个人。他在战斗<ref>Thomas (2008), p. 315.</ref>。”林肯认为在格兰特成为统帅之后，联邦军将能够在多个战场展开一系列协调的攻势，并且能拥有一位愿意使用黑人士兵的统帅<ref>Nevins, ''Ordeal of the Union'' (Vol. IV), pp. 6–17.</ref>。
即便如此，林肯还是担心格兰特可能考虑在1864年竞选总统，就如麦克莱伦一般。林肯派出中间人探访格兰特的政治意图，而在确定他没有此意图之后，向参议院正式提名格兰特作为联邦军统帅。他同时还从国会获得授权，授予格兰特中将军衔，这一军衔自华盛顿以来便没有人拥有过<ref>Donald (1996), pp. 490–492.</ref>。
1864年，格兰特发动{{Link-en|陆路战役|Overland Campaign}}。这场战役被称作是一场[[消耗战]]，联邦军在[[莽原之役]]和{{Link-en|冷港之役|Battle of Cold Harbor}}中都损失惨重。邦联军虽然拥有防守优势，但他们的损失却几乎和联邦的比例一样高<ref>McPherson (2009), p. 113.</ref>。巨大的损失使北方警觉起来；格兰特损失了近三分之一的军力，而当林肯询问他的计划究竟是什么的时候，他回答：“如果它要花费一整个夏天的话，我计划就这么打下去<ref>Donald (1996), p. 501.</ref>。”
邦联在增援方面较为匮乏，因此李的军队规模随着每一场战斗都在减小。格兰特的军队南下跨过[[詹姆斯河]]，在[[彼得斯堡 (弗吉尼亚州)|弗吉尼亚州彼得斯堡]]外展开围城战和战壕战。林肯到位于锡蒂波恩特的格兰特探访指挥部，并同格兰特和[[威廉·特库姆塞·舍曼|舍曼]]（舍曼恰好从北卡罗来纳来访）讨论局势<ref name="whitehousehistory">{{cite web |url=http://www.whitehousehistory.org/whha_about/whitehouse_collection/whitehouse_collection-art-06.html |title=The Peacemakers |publisher=The White House Historical Association |archiveurl=https://www.webcitation.org/62a8J9jOa?url=http://www.whitehousehistory.org/whha_about/whitehouse_collection/whitehouse_collection-art-06.html |archivedate=2011-10-20 |deadurl=yes }}</ref>。林肯和共和党通过从北部征兵动员，补充联邦的损失<ref>Thomas (2008), pp. 422–424.</ref>。
林肯授权格兰特对邦联的基础设施，包括种植园、铁路和桥梁展开攻击，希望能够打击邦联的士气并削弱其继续战争的经济能力。格兰特对彼得斯堡的军事行动阻断里士满和南部之间的三条铁路运行，由此舍曼和[[菲利普·谢里登]]得以在弗吉尼亚州的[[谢南多厄河谷]]中攻击种植园和城镇。在1864年，舍曼横穿佐治亚[[舍曼向大海进军|向大海的进军]]造成的破坏局限于长{{convert|60|mi|km}}的带状地带，但林肯和其他指挥官都不认为破坏是主要目标，击败邦联军队才是主要目标。尼利（2004年）总结道，与第二次世界大战不同，这时并没有对平民进行“[[总体战]]”的意图<ref>Neely (2004), pp. 434–458.</ref>。
邦联将领[[具伯·尔利|具伯·安德森·尔利]]在北方展开一系列攻击，威胁首都。在尔利于1864年{{Link-en|史蒂文斯堡战役|Battle of Fort Stevens|对华盛顿的袭击}}时，林肯从一个暴露的位置观看战情；[[小奥利弗·温德尔·霍姆斯]]上尉对他喊道：“快趴下，你这个蠢蛋，别被射中<ref>Thomas (2008), p. 434.</ref>！”在多次要求格兰特保卫华盛顿之后，谢里登被授予这一职责，并化解尔利制造的威胁<ref>Donald (1996), pp. 516–518.</ref>。
格兰特继续消耗李的军力，同时和谈也开始了。邦联副总统{{Link-en|亚历山大·H·史蒂文斯|Alexander H. Stephens|史蒂文斯}}一行在[[汉普顿锚地]]同会晤林肯和苏厄德等人。林肯拒绝与邦联任何对等的谈判；他的唯一目标是终结战事，因此会晤最终没有结果<ref>Donald (1996), p. 565.</ref>。1865年4月1日，格兰特成功在{{Link-en|五叉战役|Battle of Five Forks}}中智胜李，并几乎包围彼得斯堡，邦联政府从里士满撤退。几天之后，里士满陷落，林肯来到里士满；当他走过街道时，南方人一脸冰冷，但自由人却致敬他为英雄。4月9日，李在{{Link-en|阿波马托克斯法庭国家历史公园|Appomattox Court House National Historical Park|阿波马托克斯}}向格兰特投降，战争事实上已经结束<ref>Donald (1996), p. 589.</ref>。
===1864年连任竞选===