在《解放奴隶宣言》出台之后，将前奴隶召入军队成为一项官方政策。至1863年春，林肯已经准备好大量招募黑人士兵。在写给田纳西州战时州长[[安德鲁·约翰逊]]的信中，林肯鼓励他领头招募黑人军人，并写到：“50,000名武装且受训的黑人士兵出现在密西西比河岸上，将能够立刻终结叛乱<ref>Donald (1996), pp. 430–431.</ref>。”至1863年年末，在林肯的指示下，{{Link-en|洛伦佐·托马斯|Lorenzo Thomas}}将军已经从密西西比河谷招募20个团的黑人士兵<ref>Donald (1996), p. 431.</ref>。[[弗雷德里克·道格拉斯]]如此评论林肯：“在他身边，我从来没有想起我的卑微出身，或是我那不受欢迎的肤色<ref>Douglass, pp. 259–260.</ref>。”
===1864年连任竞选===
1864年，战争仍然进行中，而林肯则面临连任竞选。林肯是一位杰出的政治家，成功将共和党的主要不同阵营拉拢到一起，并引入[[埃德温·M·斯坦顿]]和[[安德鲁·约翰逊]]这样的{{Link-en|战时民主党人|War Democrats}}。林肯每周花数小时时间同各地从政人士交谈，并运用他在战时得到扩大的权力，紧密团结不同阵营，为自己的政策吸引支持，并挫败激进分子阻止他参选的意图<ref>Fish, pp. 53–69.</ref><ref>Tegeder, pp. 77–90.</ref>。在1864年共和党大会上，共和党选定来自南部田纳西州的战时民主党人约翰逊作为林肯的竞选伙伴。为了将竞选联盟扩大以包括战时民主党人和共和党人，林肯以一个新政党{{Link-en|国家联邦党 (美国)|National Union Party (United States)|国家联邦党}}的名义参加竞选<ref>Donald (1996), pp. 494–507.</ref>。
1864年，格兰特的春季战役陷入僵局，联邦的损失渐增，在军事上的不成功对林肯的连任竞选产生影响，全国许多共和党人担心林肯将会败北。于是林肯起草并签署一份承诺，表示如果他在大选中失利，他仍将击败邦联，然后交出白宫<ref>Grimsley, p. 80.</ref>：
{{quote|今天早晨，以及过去的几天，看起来这届政府愈发有可能无法获得连任。由此，我将与当选总统合作，在大选和就职之间保护联邦；因为，他只有在保护联邦的情况下才能保证自己最终当选<ref>Basler (1953), p. 514.</ref>。}}林肯没有将这份承诺给内阁过目，但他仍然要求他们在信封上签名。
[[Image:LINCOLN,_Abraham-President_(BEP_engraved_portrait).jpg|thumb|200px|{{link-en|雕刻和印刷局|Bureau of Engraving and Printing}}所編的林肯肖像]]
民主党的政纲遵循“和平路线”，称这场战争是“失败的”，但其候选人乔治·B·麦克莱伦将军支持战争，并否定这一政纲。林肯为格兰特提供更多的军队，并动员他的政党支持格兰特。舍曼于9月攻下亚特兰大，[[戴维·法拉格特]]攻下莫比尔，挫败失败论者<ref>Donald (1996), p. 531.</ref>；民主党内部分裂严重，一些领袖和大部分士兵支持林肯。而国家联邦党则十分团结，林肯将解放奴隶列为中心议题，而各州的共和党则着重强调铜头蛇们的背信弃义<ref>Randall & Current (1955), p. 307.</ref>。林肯在连任选举中获得压倒性胜利，拿下除三个州之外的所有其他州，并得到78%的联邦军人选票<ref>Paludan, pp. 274–293.</ref>。
1865年3月4日，林肯发表了他的{{Link-en|林肯的第二次就职演说|Lincoln's second inaugural address|第二次就职演说}}。在演说中，他认为双方的惨重伤亡是上帝的旨意。史学家{{Link-en|马克·诺尔|Mark Noll}}认为这次演说是美国人认为的少数的近乎神圣的文本<ref>Noll, p. 426.</ref>。林肯说：
{{quote|我們殷切地希塑，熱忱地祈禱，但願這戰爭的重罰會很快過去。可是，假使上帝要讓戰爭再繼續下去，直到二百五十年來奴隸無償勞動所積聚的財富化為烏有，並像三千年前人們所說的那樣，直至被鞭笞所流的每一滴血為刀劍下流的每一滴血所償付為止，那麼，我也只好說：「主的裁判是完全正確而公道的。」我們對任何人都不懷惡意，我們對任何人都抱好感。上帝讓我們看到哪一邊是正確的，我們就堅信那正確的一邊。讓我們繼續奮鬥，以完成我們正在進行的工作，去治療國家的創傷，去照顧艱苦作戰的戰士和他們的遺孀遺孤，盡一切努力實現並維護我們自己之間以及我國與他國之間的公正和持久的和平<ref>Abraham Lincoln, ''Abraham Lincoln: Selected Speeches and Writings'' (Library of America edition, 2009) p 450</ref>。}}
===重新定义共和国与共和制===