深圳市政府于1997年再次向国家计委提出申请，并于1998年5月获得批复。工程获得立项，并更名为“深圳地铁一期工程”。1998年7月，深圳市地铁有限公司经注册正式成立。1999年4月，地铁一期工程可行性研究报告获得国家批准。