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''' 荧光显微镜 ''' 是一种使用荧光或磷光物质的 [[ 光学显微镜 ]] ，或除此之外使用反射和吸收用于研究的有机或无机物质的特性。“荧光显微镜”是指使用荧光来产生一个图像的任何显微镜，无论是更简单的设置像落射荧光显微镜，或更复杂的 [[ 设计 ]] 如共聚焦显微镜，其使用光学切片，以获得更好的 [[ 分辨率 ]] 的荧光图像。

2014年10月8日， [[ 诺贝尔化学奖 ]] 颁给了 [[ 艾力克·贝齐格 (Eric ]]（Eric Betzig) ） ，W·E·莫尔纳尔 (William （William Moerner) ） 和斯特凡·W·赫尔 (Stefan （Stefan Hell) ） ，奖励其发展超分辨荧光显微镜 (Super（Super-Resolved Fluorescence Microscopy) ） ，带领光学显微镜由微米µm(1 （1 米的10的负6次方，百万分之一米) ） 进入纳米nm(1 （1 米的10的负9次方，十亿分之一米) ） 级尺度中。

样品被照射特定波长（或波段）的光，其被荧光团吸收，导致它们发出更长波长的 [[ 光 ]] （例如，和被吸收的光不同的 [[ 颜色 ]] ）。通过使用光谱发射滤片，该照明光被从弱得多的发射荧光中分离出来。

近年来在 [[ 生物学 ]] 研究中，荧光标签被广泛地使用来标定生物分子，使荧光显微镜变得更加重要。它以水银灯或氙气灯为光源，搭配具激发滤片，发散滤片滤片组的光学仪器。

目前被普遍使用的荧光显微镜，是属于落射荧光显微镜(Epi（Epi-Fluorescence Microscopes，见右图) ） ，是指激发光的来源和观察的位置( （ 接目镜) ） ，皆位于样品的同方，通过相同的光路。这些显微镜被广泛应用于生物学，并且是更先进的显微镜设计的基础，例如 [[ 共聚焦显微镜 ]] 或全内反射萤光显微镜(TIRF)。

荧光显微镜要求强烈的，近乎单色光的照明，这是一些普遍的光源，比如 [[ 卤素灯泡 ]] 不能提供的。四种主要类型的光源的使用，包括 [[ 氙气灯 ]] 或带有激发滤片(Excitation Filter)的水银灯， [[ 激光 ]] ，超连续光谱光源，和高功率发光二极管(LED)。激光被最广泛地用于更复杂的荧光显微技术，像共聚焦显微镜或全内反射萤光显微镜(TIRF)。而氙气灯，水银灯，和发光二极管(LED) （LED） 与分色激发滤片通常被用于广角落射荧光显微镜(Epi-Fluorescence Microscopes)。