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海下水蚀洞的生物组成与海洋类似，其中甲壳类的生物较为丰富，除了[[桨足纲]]的生物外（在1979年前被认为已灭绝，现存28种，活化石之一），亦有混足目、平脚目的特有种存在；然而部分种类的生物在地理分布上呈现隔离分布，例如桨足纲分布在加勒比海、加那利群岛及[[澳大利亚]]西海岸；原虾科分布在夏威夷、[[阿森松岛]]和[[百慕大群岛]]等地。这样的分布情形被认为可能与特提斯洋的存在相关，但目前没有足够的[[遗传学]]证据证明这个猜想。此外，夏威夷红虾（Halocaridina rubra）也是原生在海下水蚀洞中的生物，近年来人工养殖的数量有所成长。海下水蚀洞中的鱼类包括来自胎鼬鳚科、塘鳢科、虾虎鱼科和合鳃鱼科，分布在科隆群岛、加勒比群岛、尤卡坦半岛、[[菲律宾]]、[[日本]]和[[澳大利亚]]等地。