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''' 中国农业科学院上海兽医研究所 ''' 的前身为中国农业科学院家畜 [[ 血吸虫病 ]] 研究室，成立于1964年10月。1982年2月更名为中国农科院上海家畜血吸虫病研究所。1989年7月更名为中国农科院上海家畜寄生虫病研究所。2006年3月更名为中国农业科学院上海兽医研究所，加挂 [[ 中国动物卫生与流行病学中心 ]] 上海分中心牌子。

研究所主要开展 [[ 动物 ]] 传染病、动物寄生虫病和动物药物研究；主要研究领域是动物传染病、动物寄生虫病和兽用药物；主要方向任务是以危害严重的猪、禽传染病、动物寄生虫病、人畜共患病和兽用药物等为研究对象，开展病原生物学、分子流行病学、病原感染致病与免疫机制、诊断及防控 [[ 技术 ]] 等基础与应用基础研究；研制开发 [[ 安全 ]] 高效的新型动物疫苗、治疗药物和新制剂、快速简便的疫病诊断技术及制剂。

据2017年12月研究所官网显示，研究所设有6个研究室，拥有国家级工程技术研究中心1个、国家级实验室1个、农业部实验室3个、 [[ 中国农业科学院 ]] 实验室1个；共有在职职工124名，其中科研人员89名；设有2个 [[ 学术 ]] 学位二级学科博士点、3个学术学位二级学科硕士点。

1981年，研究所被 [[ 国务院学位委员会 ]] 批准为首批 [[ 硕士 ]] 学位培养点。

1984年，研究所被批准为 [[ 博士 ]] 学位培养点。

1989年7月，中国农科院上海家畜血吸虫病研究所更名为中国农科院上海家畜 [[ 寄生虫病 ]] 研究所。

1996年11月，在研究所的基础上组建了 [[ 农业部 ]] 动物寄生虫学重点开放实验室。

1999年，研究所建立 [[ 博士后流动站 ]] 。

2000年1月 ， 在研究所的基础上组建了上海动物生物技术研究中心。

2004年，在所的基础上组建了国家防治动物血吸虫病专业实验室和动物 [[ 传染病 ]] 防治研究室。

2013年10月，研究所正式加入中国农业科学院 [[ 科技 ]] 创新工程。

2017年11月，获评为第五届 [[ 全国文明单位 ]] 。