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研究所主要开展[[动物]]传染病、动物寄生虫病和动物药物研究；主要研究领域是动物传染病、动物寄生虫病和兽用药物；主要方向任务是以危害严重的猪、禽传染病、动物寄生虫病、人畜共患病和兽用药物等为研究对象，开展病原生物学、分子流行病学、病原感染致病与免疫机制、诊断及防控[[技术]]等基础与应用基础研究；研制开发[[安全]]高效的新型动物疫苗、治疗药物和新制剂、快速简便的疫病诊断技术及制剂。
据2017年12月研究所官网显示，研究所设有6个研究室，拥有国家级工程技术研究中心1个、国家级实验室1个、农业部实验室3个、[[中国农业科学院]]实验室1个；共有在职职工124名，其中科研人员89名；设有2个[[学术]]学位二级学科博士点 <ref>[https://www.sohu.com/a/385952714_745007 马克思主义理论二级学科博士点名单] ，搜狐，2020-04-06 </ref> 、3个学术学位二级学科硕士点。
==历史沿革==
2000年1月，在研究所的基础上组建了上海动物生物技术研究中心。
2004年，在所的基础上组建了国家防治动物血吸虫病专业实验室和动物[[传染病]]防治 <ref>[https://www.sohu.com/a/441914072_120863954 传染病预防知识] ，搜狐，2021-01-02</ref> 研究室。
2006年3月，中国农科院上海家畜寄生虫病研究所更名为中国农业科学院上海兽医研究所，加挂中国动物卫生与流行病学中心上海分中心牌子。