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三十四年，被授予浙江定海县县令，就是以前的舟山。设县不久，百废待兴。此地海水多，不宜种植粮食作物，他就修筑塘岸来防御海水，积蓄淡水，修复海塘水闸一百多所，开辟的农田日日增多。修缮城墙，深挖河道，修缮学宫，建造祠庙，劳役很多但做得井井有条。土地贫瘠，百姓贫困，不能按照期限缴纳赋税，缪燧规定超过期限的官府先为垫付，垫付部分秋后交还。此地旧有滩涂税，由渔户负担，后来滩涂被占，百姓苦于（继续纳税的）亏耗负担，缪燧为百姓请求废除此税。此地原本产盐，没有制盐的人家，盐运使屡次下文书设场砌盐盘制盐，官家进行收卖。缪燧认为不可，请求仿效江南崇明县按照丁口发放营销凭证，每年缴纳盐税银四十二两多点，记为定例。定海县十三四岁的子弟都在砍柴放牧，不知道读书是什么事。   缪燧拿出自己钱财修建书院，延请名师，来鼓励青年子弟入学读书。当地学额多为外籍学员暗中顶替，缪燧援引宣平县旧例，一半名额给当地居民，一半让其它县的人到此处认领土地耕种并加入当地民籍。又因为当地学生仍不满额，缪燧扩建义学，增设官府发放口粮的名额来鼓舞他们，于是文教兴盛。百姓的日用品，大多需要渡海到周边郡县购买，关卡吏役乘机勒索，横征重税。缪燧请求永远禁止，并在海关树立石碑以告后世。定海诸岛是强盗聚集的地方，缪燧跟随监司到处勘查，凡是羊巷、下八、尽山等岛屿都缉查，所抓获的盗贼根据罪行轻重分别处治，盗风顿时收敛。同归域是海上殉难者们埋骨的地方，缪燧捐资修缮，建成仁祠，来劝勉忠义。