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<p style="text-indent: 30px; line-height:30px">2014年8月13日，選前100天， [[ 民進黨 ]] 徵召新竹市議員[[林智堅]]競選新竹市長。</p><p style="text-indent: 30px; line-height:30px">2014年8月22日， [[ 蔡仁堅 ]] 發出新聞稿，直指 [[ 民進黨[[立 ]] 法院]][[ 黨團]] 總召集人[[柯建銘]]操控提名過程、打壓他競選 [[ 新竹市 ]] 長。 [[ 蔡仁堅 ]] 未獲 [[ 民進黨 ]] 提名後，主動將有黨徽的大型海報撤換。 [[ 蔡仁 堅2 堅]]2 月份即公開表態參選 [[ 新竹市長 ]] ，經前任 [[ 民進黨 ]] 主席[[蘇貞昌]]與5月新上任的 [[ 蔡英文 ]] 主席卻都遲至8月份仍不提名 [[ 蔡仁堅 ]] ，居間協調的 [[ 許信 良 ]] 建議以 [[ 柯文哲 ]] 模式之無黨籍身分參選。在 [[ 柯建銘 ]] 強勢運作下， [[ 新竹市 ]] 成 為[[2014 為2014 年縣市長選舉]]民 主進步黨全國各縣市長在黨員爭取提名相持不下時，唯一沒有經過公開民調初選、漠視黨員正 當參選權利，而逕行決定候選人的區域。2014年9月1日， 路路[[ 蔡仁堅 ]] 表示， [[ 民進黨 ]] 不顧黨內的協調、民調、初選程序，直接[[ 黑箱作業]] 提名 [[ 林智堅 ]] 參選新竹市長，大開民主倒車；並指出 [[ 柯文哲 ]] 於8 月30日了解 [[ 民進黨 ]] 在 [[ 新竹市 ]] 的提名狀況後，也直說「新竹沒有初選、沒有民調，很奇怪！這實在不符合民主程序」。此事件在 [[ 新竹市 ]] 轟動一時， [[ 林智堅 ]] 因此獲得「黑箱提名」之譏。。</p>

<p style="text-indent: 30px; line-height:30px">2014年8月22日， [[ 蔡仁堅 ]] 表示最關鍵的時間點就在7月16日宣稱應該會提名 [[ 蔡仁堅 ]] 後， [[ 許信良 ]] 前主席在7月23日選對會前提議讓 [[ 蔡仁堅 ]] 籌組在野 大聯盟以爭取最大勝選機會，此議獲得 [[ 蘇嘉全 ]] 及 [[ 蔡英文 ]] 主席的認同及認可，但 [[ 柯建銘 ]] 卻有所保留。接著情勢急轉直下，8月2日 [[ 柯建銘 ]] 約集 [[ 民進黨 ]][[ 新竹市 ]] 八位市議員候選人，宣稱 [[ 蔡仁堅 ]] 欲組成五個 選區的市議員五人連線，導致八位候選人人人自危，不能諒解 [[ 蔡仁堅 ]] ，但此事係子虛烏有、虛構故事，同時 [[ 柯建銘 ]] 要求眾人支持其嫡系人馬 [[ 林智堅 ]] 參選市長，並且交代這次市長選不上，2016立委 選舉大家要支持 [[ 林智堅 ]] 。</p><p style="text-indent: 30px; line-height:30px">2014年8月22日， [[ 柯建銘 ]] 表示 [[ 蔡英文 ]] 主席就任後也顧慮 [[ 璩美鳳 ]] 事件將造成黨的衝擊，開始就 [[ 新竹市 ]] 長提名徵詢黨外人士 [[ 彭文正 ]] ，其後彭沒有答 應，思考方向確實仍傾向提名蔡；無奈蔡竟於7月28日表示將以在野大聯盟的無黨籍身分參選，且在議員部分更結合有意參選之綠黨及獨立候選人合作推出人選，7月30日他與蔡懇談，要求蔡放棄 在野大聯盟方式，提出 [[ 民進黨 ]] 贏的策略，然蔡仍不為所動。 [[ 柯建銘 說 ]]表示 ，他為求給 [[ 蔡仁堅 ]] 機會，在地方部份於8月2、3日相繼約集 [[ 民進黨 ]] 及 [[ 無黨籍 ]] 的 [[ 新竹市議員 ]] ，當場無人支持蔡前市長，過程完全 公開透明；8月9日更二度邀集並邀請蔡前來，還是無人表示支持。在中央部份，8月6日黨中央再邀請蔡參與選對會，由蔡就其策略進行報告，然選對會成員包括主委蘇嘉全也完全不能同意蔡的策 略及主張，故絕無所謂有蔡主席與 [[ 蘇嘉全 ]] 主委曾於7月23日選對會中認可其在野大聯盟策略之舉。</p><p style="text-indent: 30px; line-height:30px">2014年9月30日， [[ 蔡仁堅 ]] 表示根據 [[ 柯建銘 ]] 所說要開除 [[ 蔡仁堅 ]] 的4大理由，包括：1. [[ 蔡仁堅 ]] 想用無黨籍身分參選， [[ 民進黨 ]] 無法接受？7月30日選對 會會前會，民進黨前主席許信良提出議案，並擬出2個文案即 [[ 民進黨 ]] 不提名，而以「同意 [[ 蔡仁堅 ]] 同志參選並籌組在野大聯盟」之方式爭取勝選，另1案則是提名 [[ 蔡仁堅 ]] 參選新竹市長。 [[ 柯建銘 ]] 曾當場 詢問 [[ 蘇嘉全 ]] 「小英主席態度為何？」 [[ 蘇嘉全 ]] 回應「主席說，2個方案他都可以接受，就看候選人覺得哪一種方式比較能夠勝選。」 [[ 蔡仁堅 ]] 則表示，2個方法他都可以接受</p>

<p style="text-indent: 30px; line-height:30px">2014年9月1日，蔡仁堅在律師陪同下向[[新竹地方法院]]遞交訴狀，批評 [[ 民進黨 ]] 違反《人民團體法》、《民主進步黨公職人員提名條例》與 《民主進步黨2014年直轄市長暨縣市長提名辦法》，未經黨內初選的正當程序，逕行決議提名 [[ 林智堅 ]] 為新竹市長侯選人。9月1日， [[ 蔡仁堅 ]] 表示， [[ 民進黨 ]] 不顧黨內的協調、民調、初選程序，直接黑 箱作業任命林智堅，大開民主倒車，[[柯文哲]]於8月30日了解 [[ 民進黨 ]] 在 [[ 新竹 ]] 的提名狀況後也直說「新竹沒有初選、沒有民調，很奇怪！這實在不符合民主程序」；同日，民進黨發言人[[黃帝穎]]回應，民進黨新竹市長提名是依《民主進步黨2014年直轄市長暨縣市長提名辦法》第5條，民進黨已於8月20日中執會同意通過徵召林智堅為2014年新竹市長提名參選人，程序合法完備。9月5日 ，蔡仁堅登記參選新竹市長。9月10日，蔡仁堅召開記者會，發表第一波主文宣，質疑：柯建銘為新竹市長[[許明財]]護航，因此綁架蔡英文，要「建商弟子」林智堅出來參選，要新竹「加速來 弄吧」。9月17日，蔡英文說，民進黨新竹市長提名完全依照黨的提名規定辦理，黨紀會處理沒遵循提名結果的黨員。9月27日，民進黨以違紀參選為由，通過開除蔡仁堅黨籍案。9月29日，蔡仁 堅發表「離開民進黨感言」，說明他在民進黨中評會提出的3個辯駁。</p>

<p style="text-indent: 30px; line-height:30px">2015年10月19日，蔡仁堅在[[臉書]]為文、並經[[第三媒體]]10月21日轉載：蔡英文總統候選人日前(10月18日)在競選總部成立的演講，清 晰而謙虛的說「民進黨不等於台灣，國民黨不等於中華民國」；可是，回顧2014新竹市長的黑箱提名作業（沒有初選，也沒有進行民調），蔡英文主席卻屈服於柯建銘，認為柯建銘等於新竹市？ 直指蔡英文所宣示的民主在新竹市未曾實現。</p><p style="text-indent: 30px; line-height:30px">蔡仁堅黨員資格案，[[臺灣臺北地方法院]]審理認為，民進黨中評會委員是每2年由全國黨員代表大會直選產生，其組成可認定已間接反映全 體黨員的民意，得以代表黨員參與黨務，故依《人民團體法》有權作成撤銷黨員資格之決議；因此判決蔡仁堅敗訴。</p><p style="text-indent: 30px; line-height:30px">2015年12月9日，蔡仁堅黨員資格案，[[臺灣高等法院]]審理認為，《人民團體法》規定黨員（或會員）僅能由黨員大會或黨員代表大會決議 除名才喪失黨員資格，此規定是《人民團體法》的強制規定，違反時的除名處分不生效力；而且中評會僅是中央黨部轄下的單位、並非會員代表大會，此案經中評會決議開除蔡仁堅黨籍，事後並 未經黨員代表大會追認，已違反《人民團體法》等規定，因此撤銷蔡的黨員資格應屬無效；改判民進黨敗訴，蔡仍具黨員資格。</p>

<p style="text-indent: 30px; line-height:30px">2017年12月26日，蔡仁堅接受[[中評社]]專訪時直言，[[轉型正義]]必須把歷史不正義全部考量在內，民進黨的轉型正義論述是「執政集團 的轉型正義」，[[凱道部落]]至今依然在打臉民進黨的轉型正義論述。</p>