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<!--{{Main|Oppenheimer security hearing}}-->歐本海默在柏克萊任教時，表露出 [[ 共產主義 ]] 傾向，又和不少共產黨員甚是親密，包括其弟弟和妻子，所以在[[約翰·埃德加·胡佛]]領導下的聯邦調查局自1940年代初便已開始對歐本海默進行密切監視。他的家裡和辦公室都被裝上了竊聽器，電話被竊聽，信件也被中途查看。<ref>{{harvnb|Stern|1969|p=2}}</ref>聯邦調查局還向歐本海默的政治對手提供有關他與共產黨的關係的資料。對手之一是同為原子能委員會成員的斯特勞斯，他除了不滿歐本海默在氫彈上的看法以外，還對歐本海默此前在國會面前對他的羞辱耿耿於懷。斯特勞斯反對美國向其他國家輸出放射性同位素，歐本海默在回應時對國會說：「這沒有電子設備那麼重要，但至少比維他命要重要。」<ref>{{harvnb|Cassidy|2005|p=286}}</ref>

在1949至1953年間，歐本海默捲入了一宗又一宗的爭議和 [[ 權利博弈 ]] 之中。愛德華·泰勒在洛斯阿拉莫斯時對歐本海默分配給他的原子彈研發工作並不感興趣。為了不受阻撓地研發 [[ 氫彈 ]] ，他另起爐灶，在1951年離開了洛斯阿拉莫斯，建立了另一所實驗室，也就是今天的[[勞倫斯利佛摩國家實驗室]]。另外，由噴氣轟炸機投遞的遠距離「策略性」熱核武器屬於新組建的[[美國空軍]]的管理範圍，但歐本海默則主張適用於小範圍戰場的小型「戰術性」核武器，而後者更適合由陸軍管理。空軍和陸軍互相爭奪核武器的控制權，雙方又往往和政黨相關聯。由泰勒推進的空軍核武器項目隨著1952年[[共和黨]]總統[[德懷特·艾森豪威爾]]的上任而最終得勢。<ref>{{harvnb|Hewlett|Anderson|1962|pp=581–584}}</ref>

斯特勞斯和撰寫{{le|1946年原子能法案|Atomic Energy Act of 1946}}的參議員{{le|布賴恩·麥克馬洪|Brien McMahon}}極力勸說艾森豪威爾撤銷歐本海默的安全許可 。1953 。 1953 年12月21日，斯特勞斯告訴歐本海默他的安全許可已被暫時取消，有待處理一系列針對他的指控，並與他討論辭職的問題。歐本海默選擇不辭職，而是接受聽證。指控列於原子能委員會總管[[肯尼斯·尼科爾斯]]所寫的一封信裡。<ref>{{harvnb|Stern|1969|pp=229–230}}</ref><ref>{{harvnb|United States Atomic Energy Commission|1954|pp=3–7}}</ref>1954年4月至5月進行的聽證會最先沒有公開，其焦點在於歐本海默過去和共產黨的關係，以及他在曼哈頓計劃期間和對美國不忠的科學家或共產黨科學家的聯繫。[[美國能源部]]於2014年10月公佈聽證會的整篇文字記錄。<ref name="NYTimes.com">{{cite news |url=https://www.nytimes.com/2014/10/12/us/transcripts-kept-secret-for-60-years-bolster-defense-of-oppenheimers-loyalty.html?smid=tw-share |title=Transcripts Kept Secret for 60 Years Bolster Defense of Oppenheimer's Loyalty |first=William J. |last=Broad |date=2014-10-11 |newspaper=The New York Times |publisher= |accessdate=2015-01-17 |archive-url=https://web.archive.org/web/20150118123710/http://www.nytimes.com/2014/10/12/us/transcripts-kept-secret-for-60-years-bolster-defense-of-oppenheimers-loyalty.html?smid=tw-share |archive-date=2015-01-18 |dead-url=no }}</ref><ref>{{cite web|url=https://www.osti.gov/opennet/hearing.jsp|title=J. Robert Oppenheimer Personnel Hearings Transcripts|author=Department of Energy|date=|website=Department of Energy (DOE) OpenNet documents|publisher=|accessdate=2015-01-17|archive-url=https://web.archive.org/web/20150118123907/https://www.osti.gov/opennet/hearing.jsp|archive-date=2015-01-18|dead-url=no}}</ref>