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在被剝奪政治權力後，歐本海默回到物理學的教學、寫作等工作上。他遊歷歐洲和日本，在科學歷史、科學的社會角色及宇宙的本質等課題上演講。<ref>{{harvnb|Wolverton|2008|pp=174–180}}</ref>他在1957年9月獲頒[[法國榮譽軍團勳章]]，<ref>{{harvnb|Wolverton|2008|pp=105–106}}</ref>又在1962年5月3日獲選為英國[[皇家學會院士|皇家學會外籍院士]]。<ref name="frs">{{Cite journal | last1 = Bethe | first1 = H. A. | authorlink = 漢斯·貝特| doi = 10.1098/rsbm.1968.0016 | title = J. Robert Oppenheimer. 1904–1967 | journal = Biographical Memoirs of Fellows of the Royal Society | volume = 14 | pages = 390–416 | year = 1968 |issn=0080-4606 }} reprinted as {{cite journal | last = Bethe | first = Hans | authorlink = 漢斯·貝特 | title = J. Robert Oppenheimer 1904–1967 | journal = Biographical Memoirs | volume = 71 | pages = 175–218 | url = http://books.nap.edu/openbook.php?record_id=5737&page=175 | year = 1997 | ref = harv | author = | access-date = 2019-01-08 | archive-url = https://web.archive.org/web/20111010232837/http://books.nap.edu/openbook.php?record_id=5737&page=175 | archive-date = 2011-10-10 | dead-url = no }}</ref><ref>{{cite web |title=List of Fellows of the Royal Society |url=http://royalsociety.org/WorkArea/DownloadAsset.aspx?id=4294972811 |format=PDF |publisher=Royal Society |accessdate=2010-12-11 |archive-url=https://web.archive.org/web/20101130205428/http://royalsociety.org/WorkArea/DownloadAsset.aspx?id=4294972811 |archive-date=2010-11-30 |dead-url=no }}</ref>隨著歐本海默政治盟友的得勢，時任總統[[約翰·肯尼迪]]於1963年決定向歐本海默頒發[[恩里科·費米獎]]，代表了對他的平反。前一年獲獎，曾與他爭鋒相對的愛德華·泰勒也建議歐本海默獲獎，希望這樣能愈合兩人關係上的裂痕。<ref>{{harvnb|Cassidy|2005|pp=348–349}}</ref>在[[甘迺迪遇刺案|肯尼迪遇刺]]後一個星期左右，繼任總統[[林登·莊遜]]向他頒獎，肯定他「作為一位老師，通過創造新的思想，對理論物理學所作出的貢獻，以及在關鍵的時代領導洛斯阿拉莫斯實驗室和原子能計劃所做出的努力」。<ref>{{cite web |url=http://www.presidency.ucsb.edu/ws/index.php?pid=26076 |title=Lyndon B. Johnson – Remarks Upon Presenting the Fermi Award to Dr. J. Robert Oppenheimer |publisher=The American Presidency Project |accessdate=2010-12-11 |archive-date=2011-08-19 |archive-url=https://www.webcitation.org/612hGsIcj?url=http://www.presidency.ucsb.edu/ws/index.php?pid=26076 |dead-url=no }}</ref>歐本海默對莊遜說：「總統先生，你今天給我頒獎，肯定需要不少的寬容和勇氣吧。」<ref>{{cite magazine | title = Tales of the Bomb | magazine = [[Time (magazine)|Time]] | date = 1968-10-04 | url = http://www.time.com/time/magazine/article/0,9171,838820-1,00.html | accessdate = 2008-05-23 | archive-url = https://web.archive.org/web/20090114194627/http://www.time.com/time/magazine/article/0,9171,838820-1,00.html | archive-date = 2009-01-14 | dead-url = no }}</ref>
對歐本海默的平反某程度上只是象征性的，因為他的安全許可仍然沒有被恢復，他也無法對官方政策做任何的影響。不過，他拿到了50,000美元 （{{Inflation|US|50000|1963|fmt=eq}}美元） 的免稅獎金。對他頒獎的決定激怒了國會中眾多共和黨議員。肯尼迪的遺孀[[積琪蓮·甘迺迪]]特意在白宮接見歐本海默，告訴他她的丈夫是多麼希望他拿到這塊獎牌的。<ref>{{harvnb|Bird|Sherwin|2005|pp=574–575}}</ref>還在當參議員的時候，肯尼迪就投下了重要的一票，使歐本海默的對手劉易斯·斯特勞無法得到{{le|美國商務部|United States Secretary of Commerce}}部長這一重要職位，結束了斯特勞斯的政治生涯。他的決定，某程度上是科學界裡歐本海默支持者遊說的結果。<ref>{{harvnb|Bird|Sherwin|2005|p=577}}</ref>
歐本海默一生吸煙成癮，在1965年底確診罹患[[頭頸癌|喉癌]]。手術後，他又在1966年接受[[放射治療]]和[[化療]]。<ref>{{harvnb|Bird|Sherwin|2005|pp=585–588}}</ref>他在1967年2月15日陷入昏迷，18日在新澤西州[[普林斯頓]]去世，終年62歲。悼念儀式在一個星期後於[[普林斯頓大學]]校舍舉辦。在場的六百人中，有科學、政治和軍隊裡曾與他共事的人士，包括貝特、格羅夫斯、凱南、{{le|大衛·E·利連索爾|David E. Lilienthal|利連索爾}}、拉比、[[亨利·德沃爾夫·史邁斯|史邁斯]]和[[尤金·維格納|維格納]]，另外還有弟弟弗蘭克等家人，以及歷史學家[[小亞瑟·史列辛格]]、小說家[[約翰·奧哈拉]]和[[紐約市芭蕾舞團]]總監[[喬治·巴蘭奇]]。貝特、凱南和史邁斯發表悼詞。<ref>{{harvnb|Cassidy|2005|pp=351–352}}</ref>遺體火化後，骨灰裝入甕中，由遺孀凱瑟琳帶到聖約翰島，在海灘小屋前扔進海中。<ref>{{harvnb|Bird|Sherwin|2005|p=588}}</ref>