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1987年6月，从[[北京市第四十一中学]]畢業，1987年9月考入[[北京大學]]國際政治系修讀政治學專業。1988年9月，王丹转入该校历史系修讀中国史专业<ref>{{cite web |url = http://www.facebook.com/profile.php?id=700949667&v=feed&story_fbid=142321549064&ref=mf |title=王丹回覆網友的問題 |date=2009-09-08 |accessdate=2009-09-08 |publisher=王丹[[Facebook]]}}{{dead link}}</ref><ref>{{cite web |url = http://www.facebook.com/pages/wang-dan-wang-zhan-Wang-Dans-Page/105759983026?ref=nf#/pages/wang-dan-wang-zhan-Wang-Dans-Page/105759983026?v=info&ref=nf |title=王丹：我的簡歷 |date=2009-09-08 |accessdate=2009-09-08 |publisher=王丹网站 Wang Dan's Page[[Facebook]]}}{{dead link}} 王丹自称：第一，我根本不是被保送到北京大學的，我是憑成績考入的；第二，我轉系到歷史系，純粹是因為我不喜歡國政系的必修課之一：高等數學，而歷史系沒有高數。完全不是因為所謂“成績平平”而轉系的。僅僅兩三行文字就有兩個謠言，接下來的就更多了。我精力和時間有限，請不要勉強我</ref>。在校期间，主持“民主沙龙”，组织“当代社会问题研究社”，编辑《新五四》校刊，《燕园风》等學生刊物，从事校园民主运动。

[[八九民运]]中期，他和[[吾爾開希·多萊特|吾爾開希]]被学运组织边缘化，直至[[柴玲]]接手为止。王丹为绝食运动发起人之一，希望透過絕食改變[[中共]]「[[四二六社論]]」的定性。并曾短暂担任过“保卫天安门广场指挥部”副总指挥。绝食只是王丹與吾爾開希等人以个人名义发起的行动，当时的学运组织如北大、清华的自治会、北高联等等，并不支持绝食。<ref>封從德：《六四日記》</ref>

[[六四事件]]發生後，民主運動被以[[邓小平]]、[[杨尚昆]]為首的对待民主自由态度保守的人士下令武力鎮壓。6月8日，[[北京市人民政府|北京市政府]]解散[[北京高校学生自治联合会|高自联]]。6月13日，[[北京市公安局]]将他列为[[六四事件期間的持不同政見者#正式发布|21名高自联头头和骨干之一，位列首位，受到通缉]]。但他并没能如其他民运人士如吾爾開希、柴玲一样往外国逃亡，而是選擇留在中国国内躲藏。王丹在安徽親友處短暫隱蔽後<ref>{{cite news|title=吳仁華談論當年逃亡的經過|url=http://zyzg.us/redirect.php?goto=findpost&pid=1591676&ptid=192862|work=自由中國論壇|date=2009-01-28|accessdate=2009-09-08}}{{dead link|date=2018年3月 |bot=InternetArchiveBot |fix-attempted=yes }}</ref> ，覺得逃亡生涯不是他的性格所能容納的，吃不了躲藏的苦，想回北京<ref>{{youtube|L7O9x6l3pgU|纪录片天安門 六四事件 Part.17of20}}.dinzzz414.2006-08-29</ref>。抵京後台灣《[[自立晚報]]》派往大陸採訪的記者[[黃德北]]打電話約王丹見面，被國安部門監聽發現<ref>{{cite news|title=自立報系記者黃德北和徐璐抵台記者會|url=http://vod.ncl.edu.tw/voddata/ttvnews/19890710_0724/cca-1-20001-nw-ttvdy-19890712_04-b.asf|work=國家圖書館|date=1989-07-12|accessdate=2009-09-08}}{{dead link|date=2018年3月 |bot=InternetArchiveBot |fix-attempted=yes }}</ref>。