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[[六四事件]]發生後，民主運動被以[[邓小平]]、[[杨尚昆]]為首的对待民主自由态度保守的人士下令武力鎮壓。6月8日，[[北京市人民政府|北京市政府]]解散[[北京高校学生自治联合会|高自联]]。6月13日，[[北京市公安局]]将他列为[[六四事件期間的持不同政見者#正式发布|21名高自联头头和骨干之一，位列首位，受到通缉]]。但他并没能如其他民运人士如吾爾開希、柴玲一样往外国逃亡，而是選擇留在中国国内躲藏。王丹在安徽親友處短暫隱蔽後，覺得逃亡生涯不是他的性格所能容納的，吃不了躲藏的苦，想回北京<ref>{{youtube|L7O9x6l3pgU|纪录片天安門 六四事件 Part.17of20}}.dinzzz414.2006-08-29</ref>。抵京後台灣《[[自立晚報]]》派往大陸採訪的記者[[黃德北]]打電話約王丹見面，被國安部門監聽發現<ref>{{cite news|title=自立報系記者黃德北和徐璐抵台記者會|url=http://vod.ncl.edu.tw/voddata/ttvnews/19890710_0724/cca-1-20001-nw-ttvdy-19890712_04-b.asf|work=國家圖書館|date=1989-07-12|accessdate=2009-09-08}}{{dead link|date=2018年3月 |bot=InternetArchiveBot |fix-attempted=yes }}</ref> 。