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在1872至1873年間，他與德馬太醫生在台灣中部的原住民部落間巡迴傳教，包括了大社、內社、埔里和愛蘭地區的烏牛欄及牛眠山，並成為第一個歐美人士探勘水社湖（日月潭）者，他將 [[ 日月潭 ]] 命名為為「干治士湖」（Lake Candidus），以記念這位於1633-1637年在台灣佈教的首位荷蘭籍宣教師；但在原住民部落傳教時，他也曾遇過困難，在1873年他與打狗英國領事布洛克（T. L. Bullock）及美國密西根州博物館員史迪爾（J. B. Steere）再度拜訪日月潭和埔里東方時，便曾遭遇原住民攻擊<ref>{{Cite web |url = http://gospel.pct.org.tw/AssociatorArticle.aspx?strBlockID=B00007&strContentID=C2006052300002&strDesc=&strSiteID=S001&strCTID=CT0005&strASP=default | title = 白髯牧師台灣情—甘為霖牧師的宣教之旅 | author = 夏文學 | date = 1994-08 | publisher = 新使者雜誌}}</ref>。1878年，甘為霖甚至到了北部淡水，拜訪了加拿大長老教會傳教士[[馬偕]]，兩人一同巡視了北部的教堂、傳教所<ref> {{Cite book | author =勁草| title = 傳教士到台灣| publisher = 五南 | date =2013-08-01| pages = 84}}</ref>。