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2014年4月25日，中国农业科学院深圳农业基因组研究所在深圳大鹏新区挂牌成立；同年，获批成为深圳市二类事业[[法人]] <ref>[https://www.sohu.com/a/325910644_120147367 法人、法人代表、法定代表人，三者都有什么区别？] ，搜狐，2019-07-10 </ref> 单位。

据2018年8月基因组所官网显示，基因组所在Science、Nature 、Cell等顶级学术期刊上发表SCI论文100余篇，申请专 利20 利<ref>[https://www.sohu.com/a/325702877_99912325 国家专利申请流程是怎样的?] ，搜狐，2019-07-09</ref>20 余项，审定国审品种2个、省审品种6个；共获得各级科技经费超过2亿元，国家和省市级[[项目]]160余项，重大和重点项目20余项，国家级项目30余项。