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施琅底定全台，上奏清廷建议奉台湾民间信仰的妈祖“天妃”赐晋天后（宋徽宗时期，中国朝廷已颁福建所信仰的妈祖以“正妃”称号、元朝皇帝进封“天妃”），1684年（康熙二十三年）清廷准奏，且进颁“护国庇民妙灵昭应仁慈天后”敕号，改台南宁靖王府为大天后宫，派满族大臣礼部侍郎（三品）雅虎致祭。雍正四年，皇帝又御书“神昭海表”匾，由台湾镇总兵林亮迎至天后宫敬悬，乾隆时期清廷又颁旨改官祀，天后宫之名称逐渐普及至今。

当时施琅从湄洲岛带的古妈祖黑面二妈，如今安置在鹿港天后宫，供众信徒膜拜，此尊神像已有一千年的历史，全世界仅此一尊，大陆本有两尊开基妈，但都毁于文化大革命。